Cả hai tàu con sẽ bay trên khoang của module MTM (Mercury Transfer Module) của ESA. Trước khi bắt đầu các nghiên cứu khoa học, hai con tàu này sẽ được MTM đưa lên lên quỹ đạo sao Thủy. Đây là một sứ mệnh khó khăn trong số các sứ mệnh hành tinh từ trước đến nay. Khoảng cách gần Mặt trời khiến việc đưa tàu BepiColombo bay vào quỹ đạo sao Thủy mà không rơi vào bẫy trọng trường của Mặt trời là cực khó.
“Để đến được sao Thủy mà không bị Mặt trời “nuốt”, con tàu sẽ phải thực hiện 9 vòng bay xung quanh các hành tinh, trong đó một vòng quanh Trái đất, hai vòng quanh sao Kim và cuối cùng là 6 vòng xung quanh sao Thủy - ông
Andrea Accomazzo - Giám đốc điều hành chuyến bay BepiColombo giải thích. Khác với trường hợp các chuyến bay bên ngoài khu vực Hệ Mặt trời, MTM sẽ lợi dụng lực hấp dẫn cùng với lực đẩy động cơ không phải để tăng tốc mà là để… “hãm phanh”. “Càng đến gần Mặt trời, chúng ta càng phải di chuyển theo quỹ đạo hẹp” - nhà khoa học Frank Budnik thuộc Nhóm động lực học của chuyến bay, cho biết.
Tên của con tàu cũng có liên quan đến nhà toán học và kỹ sư Italy - ông Giuseppe “Bepi” Colombo, người đầu tiên đưa ra những thông số để tàu vũ trụ Mariner 10 trong những năm 1974 - 1975 căn cứ vào đó thực hiện các chuyến bay bên cạnh sao Kim và sao Thủy.
Sau khi khởi hành, tàu BepiColombo trải qua giai đoạn LEOP (Lounch and Early Orbit Phase), trong đó các thiết bị và hệ thống kiểm soát của nó được khởi động và thử nghiệm, trong đó có các tấm panel pin Mặt trời và ăng ten liên lạc. Đây là giai đoạn nguy hiểm, khi con tàu chưa ở trong trạng thái được chuẩn bị đầy đủ để đương đầu với những mối đe dọa đi kèm với sứ mệnh vũ trụ.
Sau lần bay cuối cùng vào quỹ đạo sao Thủy, Tàu quỹ đạo Mercury Magnetospheric Orbiter (MMO) của JAXA và Mercury Planetary
Orbiter (MPO) của ESA sẽ bắt đầu giai đoạn nghiên cứu kéo dài ít nhất 1 năm. Nhiệm vụ của chúng là nghiên cứu các thành phần hóa học sao Thủy, đặc điểm địa vật lý, khí quyển, tương tác của hành tinh với gió Mặt trời và cuối cùng là từ trường sao Thủy.