Ông Hiến bị VKSND Quân sự Trung ương cáo buộc quá trình triển khai thực hiện chủ trương của Thường vụ Đảng ủy Quân chủng Hải quân đã không kiểm tra, tin tưởng vào cấp dưới. Cựu thứ trưởng ký, phê duyệt các văn bản để đưa ba khu đất quốc phòng vào liên doanh làm kinh tế không đúng quy định của Bộ Quốc phòng, của Chính phủ và Luật Đất đai năm 2003... Ông Hiến bị xét xử về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, theo khoản 3 điều 360 Bộ luật Hình sự 2015 với khung hình phạt 7-12 năm tù.
Bốn ngày trước, việc khai trừ Đảng với ông Hiến đã được Tổng bí thư, Chủ tịch nước Nguyễn Phú Trọng thông báo trong phát biểu bế mạc Hội nghị Trung ương 12. Trước đó tại cuộc họp ngày 27-28/4, Ủy ban Kiểm tra Trung ương đề nghị Bộ Chính trị, Ban Chấp hành Trung ương Đảng khai trừ Đảng với ông Hiến do "vi phạm rất nghiêm trọng các quy định của pháp luật trong vụ án hình sự xảy ra tại Quân chủng Hải quân".
Bốn cựu thuộc cấp của ông Hiến ở Quân chủng Hải quân bị xét xử về tội Vi phạm quy định về quản lý đất đai (điều 229 Bộ luật Hình sự) là Bùi Như Thiềm (cựu trưởng phòng kinh tế, Quân chủng Hải quân), Bùi Văn Nga (cựu giám đốc Công ty Hải Thành), Đoàn Mạnh Thảo (cựu trưởng phòng tài chính, Quân chủng Hải quân), Trần Trọng Tuấn (cựu phó giám đốc Công ty Hải Thành).
Ba người bị xét xử về tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản (điều 174 Bộ luật Hình sự) gồm: Đinh Ngọc Hệ (Út "Trọc", cựu phó tổng giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn), Phạm Văn Diệt (cựu tổng giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Đức Bình), Vũ Thị Hoan (cựu giám đốc Công ty Yên Khánh).
Theo cáo trạng của VKSND Quân sự Trung ương, khu 7-9 đường Tôn Đức Thắng, phường Bến Nghé, quận 1, TP HCM có nguồn gốc là đất quốc phòng, thuộc quyền quản lý của Quân chủng Hải quân. Đầu năm 2006, Công ty Hải Thành (đơn vị kinh tế của Quân chủng) cùng hai Phòng Kinh tế, Tài chính của Quân chủng thống nhất phương án hợp tác kinh doanh tại khu đất.
Hay tin này, ông Hệ chỉ đạo Công ty Yên Khánh lập tờ trình gửi Quân chủng Hải quân xin liên kết đầu tư xây dựng, khai thác toà cao ốc văn phòng, trung tâm thương mại. Công ty Yên Khánh do Hệ thành lập năm 2005, nhờ cháu là Vũ Thị Hoan (sinh viên năm nhất hệ cao đẳng ĐH Công nghiệp TP HCM) làm giám đốc, đại diện pháp luật. Công ty không có cơ cấu tổ chức, nhân sự, chưa thi công dự án nào, có hai thành viên là Vũ Thị Hoan và nhân viên bảo vệ nhưng thực chất không vốn góp, mọi hoạt động đều do Hệ điều hành.
Nội dung tờ trình phản ánh không đúng sự thật về năng lực tài chính, chất lượng nguồn nhân lực và các dự án Công ty Yên Khánh đã, đang thực hiện liên doanh với đối tác. Ngày 15/5/2006, Công ty Hải Thành và Yên Khánh ký Hợp đồng nguyên tắc liên doanh liên kết thực hiện dự án tại khu đất số 7-9.
Khu đất số chưa được chuyển đổi sang đất làm kinh tế nhưng các ông Thiềm và Thảo đã tham mưu cho ông Hiến uỷ quyền giao cho ông Nga ký hợp đồng liên doanh làm kinh tế với Công ty Yên Khánh.
Ngày 4/9/2006, ông Nga và Hoan ký Hợp đồng liên doanh số 7 với thoả thuận: Thành lập Công ty liên doanh TNHH Yên Khánh Hải Thành để thực hiện Dự án xây dựng và vận hành một cao ốc đa chức năng tại khu đất số 7-9, thời hạn 49 năm. Công ty Yên Khánh bảo đảm thanh toán cho Công ty Hải Thành một khoản thu nhập ổn định, không phụ thuộc vào kết quả kinh doanh của công ty liên doanh trong 49 năm định kỳ 5 năm một lần điều chỉnh giá.
Sau đó từng bước, khu đất được chuyển đổi mục đích sử dụng từ quân sự sang kinh tế. Theo nhà chức trách, bằng các thủ đoạn gian dối, ông Hệ, Diệt và Hoan đã chiếm đoạt quyền sử dụng khu đất này, giá trị 525 tỷ đồng, theo định giá tháng 2/2020.
Tại dự án này, ông Hiến và những người liên quan bị cáo buộc làm trái chỉ đạo của Bộ trưởng Quốc phòng về việc "không được góp vốn bằng giá trị quyền sử dụng đất và tài sản trên đất".
Ngoài ra, ông Hiến cũng bị cáo buộc có sai phạm tương tự, khiến hai lô đất quốc phòng khác tại số 2 (1.215 m2) và 9-11 (2.087 m2) Tôn Đức Thắng rơi vào tay tư nhân. Tổng giá trị nhà nước bị thất thoát ở ba khu đất là hơn 900 tỷ đồng.