Trong đợt thi này, số thí sinh đăng ký dự thi khối B chiếm số lượng đông đảo nhất với 20% (hơn 319.000 thí sinh). Tiếp đến là khối D với 228.608 thí sinh, chiếm 15%. Khối C năm nay có thí sinh đăng ký dự thi thấp, chỉ chiếm 8% với hơn 130.000 thí sinh. Còn lại 5% với gần 76.000 là thí sinh các khối khác.
Khác với đợt thi đầu tiên, đợt II thi ĐH, CĐ này có nhiều khối, nhiều môn thi, trong đó có nhiều môn tự luận nên có nhận định cho rằng số thí sinh vi phạm quy chế thi và bị xử lý kỷ luật có thể sẽ tăng lên.
Theo thống kê ban đầu, với 250.000 hồ sơ, TP.HCM tiếp tục là điểm thi lớn nhất cả nước.
Kỳ thi tuyển sinh ĐH, CĐ đợt 2 của năm 2009 diễn ra trong 3 ngày, từ 8-10/7. Thí sinh sẽ dự thi các khối B, C, D, T, N, H, M, R, K.
Lịch thi đợt II:
| Ngày | Buổi | Môn thi | ||
| Khối B | Khối C | Khối D | ||
| Ngày 8-7-2009 | Sáng Từ 8g00 | Làm thủ tục dự thi, xử lý những sai sót trong đăng ký dự thi của thí sinh. | ||
| Ngày 9-7-2009 | Sáng | Sinh | Văn | Văn |
| Chiều | Toán | Sử | Toán | |
| Ngày 10-7-2009 | Sáng | Hóa | Địa | Ngoại ngữ |
| Chiều | Dự trữ | Dự trữ | Dự trữ | |
