Tổ chức điều phối phát triển các vùng kinh tế trọng điểm gồm: Ban Chỉ đạo điều phối phát triển các vùng kinh tế trọng điểm (Ban Chỉ đạo), Hội đồng vùng kinh tế trọng điểm (Hội đồng vùng), Tổ điều phối của các Bộ, ngành và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong vùng kinh tế trọng điểm (Tổ điều phối cấp Bộ và Tổ điều phối cấp tỉnh).
Ban Chỉ đạo điều phối phát triển các vùng kinh tế trọng điểm là tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu chỉ đạo, đôn đốc, phối hợp giải quyết các vấn đề quan trọng có tính chất liên ngành, liên vùng liên quan đến hoạt động điều phối phát triển các vùng KTTĐ.
Trưởng Ban Chỉ đạo là Phó Thủ tướng Chính phủ. Phó Trưởng ban thường trực là Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Các thành viên Ban Chỉ đạo gồm Thứ trưởng hoặc tương đương của các Bộ và cơ quan ngang Bộ (Kế hoạch và Đầu tư, Giao thông vận tải, Tài nguyên và Môi trường, Công Thương, Tài chính, Giáo dục và Đào tạo, Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Xây dựng, Văn phòng Chính phủ) và Chủ tịch Hội đồng vùng.
Hội đồng vùng là tổ chức kết nối giữa Ban Chỉ đạo với các địa phương trong vùng KTTĐ và chỉ đạo, điều phối các liên kết trong vùng.
Hội đồng vùng có nhiệm vụ chỉ đạo và tổ chức phối hợp các địa phương trong vùng KTTĐ thực hiện các Quy hoạch phát triển của vùng KTTĐ; theo dõi quá trình xây dựng, điều chỉnh quy hoạch của địa phương trong vùng...
