Theo Quyết định, Phó Trưởng Ban Chỉ đạo gồm: Ông Đinh Tiến Dũng, Ủy viên Trung ương Đảng, Bộ trưởng Bộ Tài chính (thường trực); ông Trần Tuấn Anh, Ủy viên Trung ương Đảng, Bộ trưởng Bộ Công Thương; ông Lê Quý Vương, Ủy viên Trung ương Đảng, Thượng tướng, Thứ trưởng Bộ Công an; ông Lê Chiêm, Ủy viên Trung ương Đảng, Thượng tướng, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng.
Ủy viên Ban Chỉ đạo là lãnh đạo một số cơ quan liên quan.
Ban Chỉ đạo 389 quốc gia hoạt động thường xuyên thông qua hoạt động của các Thành viên và của Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo 389 quốc gia; trên cơ sở phân công nhiệm vụ rõ ràng, đề cao trách nhiệm cá nhân của Trưởng Ban, các Phó Trưởng Ban và các Ủy viên.
Các Thành viên Ban Chỉ đạo 389 quốc gia chịu trách nhiệm trước Trưởng Ban về công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả thuộc lĩnh vực của Bộ, ngành mình và các nhiệm vụ được Trưởng Ban phân công.
Trưởng Ban Chỉ đạo 389 quốc gia sử dụng con dấu của Thủ tướng Chính phủ; các Phó Trưởng Ban Chỉ đạo 389 quốc gia sử dụng con dấu của Bộ mình; Văn phòng Thường trực sử dụng con dấu riêng.
Ban Chỉ đạo 389 các Bộ, ngành sử dụng con dấu của Bộ, ngành mình; Trưởng Ban Chỉ đạo 389 tỉnh (thành phố) sử dụng con dấu của UBND tỉnh (thành phố); các Phó Trưởng ban Chỉ đạo 389 tỉnh (thành phố) sử dụng con dấu của sở, ngành mình.
Bộ Tài chính là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo 389 quốc gia, có trách nhiệm chỉ đạo các đơn vị chức năng của bộ phối hợp với Văn phòng Thường trực nghiên cứu, đề xuất xây dựng cơ chế, chính sách liên quan đến công tác của Ban Chỉ đạo 389 quốc gia, đồng thời bảo đảm các điều kiện hoạt động của Ban Chỉ đạo 389 quốc gia và Văn phòng Thường trực.
