Tuy nhiên, “quy hoạch” này mới chỉ là tính toán/dự báo nhu cầu về quy mô đào tạo để tính toán yêu cầu về số chỗ học/ngành học để đưa ra các khống chế về không gian và thời gian (số lượng trường và quy mô đào tạo) chưa gắn cụ thể sử dụng cụ thể tài nguyên, phát triển hạ tầng;
Trong giai đoạn trước đây, khi dân số tăng, nhu cầu đào tạo cao thì quy hoạch luôn theo hướng gia tăng, mở rộng nên dường như quy hoạch không có vấn đề gì, thậm chí việc rà soát đánh giá thực hiện quy hoạch cũng không mang lại kết quả gì lớn;
Quy hoạch có cân nhắc đến nhu cầu nhân lực vùng/miền nhưng chưa cân nhắc được yếu tố ngành kinh tế (Việt Nam chưa làm tốt điều này, các quy hoạch nhân lực của ta làm theo địa bàn và ngành chưa thực sự phản ánh đúng xu thế và chưa đồng bộ nên quy hoạch mạng lưới của giáo dục cũng không phản ánh được xu thế phát triển của nhân lực);
Quy hoạch cũ chưa tính đến đánh giá thường xuyên việc thực hiện quy hoạch và chưa có biện pháp điều chỉnh. Quy hoạch không mang tính thiết kế về sử dụng không gian/xây dựng như các bản quy hoạch (sử dụng đất) thông thường;
Trong thời gian tới, TS Lê Đông Phương cho rằng: Cần có quy hoạch nhưng quy hoạch trước hết phải hiểu là “tổ chức, sắp xếp hệ thống các cơ sở giáo dục theo không gian và thời gian”.
Tổ chức/sắp xếp này phải mang tính động, sử dụng các công cụ có tính khuyến khích để các cơ sở giáo dục và các cấp quản lý chủ động trong thực hiện việc sắp xếp lại.
Để sắp xếp phù hợp hệ thống các cơ sở giáo dục cần có tiêu chí đánh giá hiệu quả hoạt động của các loại hình cơ sở giáo dục cũng như rà soát đối chiếu so với các mục tiêu quy hoạch.
Trên cơ sở nhìn nhận được hiệu quả hoạt động cần có các biện pháp mang tích hỗ trợ để các cơ sở giáo dục (cả công lập và tư thục) chưa đạt được hiệu quả mong muốn tự tái cấu trúc hoặc sắp xếp lại (M/A) thành các cơ sở hay thậm chí các hệ thống cơ sở giáo dục có hiệu quả tốt hơn, đáp ứng tốt hơn nhu cầu giáo dục của dân cư và nhu cầu phát triển nhân lực của nền kinh tế.
Các biện pháp tổ chức của nhà nước cũng cần chú ý đến các mục tiêu chính trị, an ninh-quốc phòng, chính sách xã hội để đảm bảo sự cung cấp dịch vụ giáo dục liên tục và đều khắp cho các địa bàn và nhóm dân cư cần được phục vụ.