Nguyên nhân xuất phát từ việc Mkhitaryan là người Armenia trong khi địa điểm tổ chức trận chung kết Europa League là Baku thuộc đất nước Azerbaijan. Hai đất nước nói trên đang trong thời kỳ căng thẳng chính trị và người có quốc tịch Armenia rất khó tới Azerbaijan.
Trận đấu giữa Arsenal và Qarabag (đội bóng thuộc Azerbaijan) tại Europa League mùa này cũng chứng kiến Mkhitaryan không thể tới Azerbaijan. Tờ Independent của Anh cho hay tiền vệ này gặp những vấn đề liên quan tới visa khiến anh không được nhập cảnh vào Azerbaijan.
Bản thân HLV Unai Emery cũng không muốn Mkhitaryan chơi trận đấu ấy. Nhà cầm quân người Tây Ban Nha đã gạch tên tiền vệ người Armenia ra khỏi danh sách tới Azerbaijan và báo chí Anh cho hay ông làm vậy để học trò của mình tránh những áp lực từ các CĐV Azerbaijan trên khán đài cũng như vì chính sự an toàn của Mkhitaryan.
Sắp tới, Arsenal sẽ lại hành quân tới Baku, Azerbaijan để chơi trận chung kết Europa League với Chelsea. Lần này, Mkhitaryan chưa chắc có thể cùng các đồng đội thi đấu dù Arsenal đã hối thúc UEFA can thiệp để anh có thể đưa anh vào đội hình dự trận chung kết.
Tờ Guardian mới đây trích phát biểu từ người phát ngôn CLB Arsenal: "Chúng tôi rất lo ngại việc địa điểm tổ chức trận chung kết có thể dẫn tới việc Mkhitaryan không thể chơi trận chung kết này. Chúng tôi đang tìm kiếm sự đảm bảo từ UEFA rằng Mkhitaryan sẽ tới Baku một cách an toàn. Cả Arsenal và Mkhitaryan đều muốn cầu thủ này được góp mặt trong đội hình tham dự trận chung kết".
Trận chung kết Europa League mùa này sẽ được tổ chức tại thành phố Baku, Azerbaijan vào ngày 30/5. Đối thủ của Arsenal ở trận chung kết sẽ là Chelsea.
