Theo báo cáo giám sát, việc thành lập và hoạt động của các quỹ đã cơ bản đáp ứng được các yêu cầu đề ra, góp phần thúc đẩy xã hội hóa, huy động thêm nguồn lực tài chính trong xã hội thực hiện các mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội của cả nước nói chung và từng địa phương nói riêng, giảm bớt gánh nặng cho ngân sách Nhà nước.
Báo cáo giám sát cũng chỉ ra những tồn tại, hạn chế như: Chưa có các cơ quan cả ở Trung ương và địa phương được giao nhiệm vụ thống nhất quản lý các quỹ tài chính ngoài ngân sách; Nguồn tài chính hình thành các quỹ tài chính ngoài ngân sách còn nhiều bất cập, chưa bảo đảm hoạt động độc lập với ngân sách Nhà nước; có quá nhiều quỹ tại địa phương làm phát sinh nhiều chi phí quản lý và tổ chức biên chế (các địa phương trung bình có khoảng 10 - 15 quỹ)…
Đoàn giám sát đề nghị nghiên cứu trình cấp có thẩm quyền để bãi bỏ ngay đối với 7 quỹ: Bảo trì đường bộ ở trung ương và ở địa phương; Hỗ trợ sắp xếp và Phát triển doanh nghiệp; Hỗ trợ người nhiễm HIV/AIDS; Hỗ trợ các hoạt động ngoại giao phục vụ kinh tế; Quỹ hỗ trợ vận động cộng đồng người Việt Nam ở nước ngoài; Hỗ trợ việc làm ngoài nước; Phòng chống chống thiên tai; đồng thời đề nghị nghiên cứu xác định rõ lộ trình bãi bỏ đối với 3 quỹ: Quỹ phòng chống tác hại thuốc lá, Quỹ bình ổn giá xăng dầu, Quỹ dịch vụ viễn thông công ích. Ngoài ra, Đoàn giám sát cũng đề nghị thực hiện việc sáp nhập đối với một số quỹ.
Cho ý kiến tại phiên họp, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân nêu rõ, qua báo cáo giám sát cho thấy, hệ thống pháp luật về hình thành quản lý, sử dụng các quỹ phức tạp, chưa thống nhất, thiếu minh bạch và không rõ ràng, không phù hợp với yêu cầu quản lý. Có quá nhiều quỹ làm phân tán nguồn lực Nhà nước. Chủ tịch Quốc hội đề nghị Chính phủ đánh giá những hạn chế tồn tại, kết quả đạt được của các quỹ, đưa ra các đề xuất, định hướng, xây dựng lộ trình để sắp xếp, sáp nhập hay giải thể quỹ nào. Trong khi chờ Quốc hội ban hành cơ sở pháp lý thì trong các luật chuyên ngành thì không nên quy định thành lập quỹ, không hình thành tổ chức và không tăng thêm biên chế.
Báo cáo làm rõ thêm tại phiên họp, Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng cho biết, thời gian qua Bộ Tài chính đã phối hợp chặt chẽ với Đoàn giám sát và những định hướng sắp xếp được nêu ra cũng rất phù hợp với báo cáo của Chính phủ. Bộ trưởng cho biết, theo thống kê hiện có 48 quỹ, trong đó có 28 quỹ ở Trung ương và địa phương là 20, phần lớn được thành lập trước khi Luật Ngân sách Nhà nước năm 2015 có hiệu lực thi hành.
Phát biểu kết luận, Phó Chủ tịch Quốc hội Phùng Quốc Hiển cho biết, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đồng tình với một số kiến nghị của Đoàn giám sát và thống nhất ban hành nghị quyết giám sát để tăng cường quản lý các quỹ tài chính ngoài ngân sách cũng như đề xuất hướng để hoàn thiện hệ thống pháp luật về quản lý các quỹ.
Trong nghị quyết sẽ giao Chính phủ rà soát, đánh lại hoạt động, hiệu quả của từng quỹ, cương quyết loại bỏ những quỹ không hoạt động, hoạt động kém hiệu quả, không cần thiết; đồng thời giao Chính phủ nghiên cứu xây dựng luật để thống nhất quản lý các quỹ này; tạo sự thống nhất trong hệ thống tài chính quốc gia, trong đó có quỹ tài chính ngoài ngân sách để bảo đảm quản lý hiệu quả và có sự lưu thông, tiến tới giảm dần sự hỗ trợ của ngân sách. Nghị quyết này và báo cáo giám sát hoàn chỉnh sẽ được trình Quốc hội tại Kỳ họp thứ 8.