Theo hướng dẫn, việc khử khuẩn ở khu vực cảng hàng không và tàu bay cần tuân thủ các quy định phù hợp của quốc tế như Tổ chức Y tế thế giới (WHO), Hiệp hội Vận tải hàng không quốc tế (IATA), Tổ chức hàng không dân dụng quốc tế (ICAO), Hội đồng sân bay quốc tế (ACI) và các quy định của Bộ Y tế có liên quan.
Hóa chất sử dụng để khử khuẩn được thực hiện theo các quy định của WHO, ICAO, IATA, ACI, Bộ Y tế trong phòng vệ sinh và phòng chống dịch bệnh truyền nhiễm, phù hợp với các tác nhân gây bệnh cụ thể theo khuyến cáo của nhà sản xuất. Đối với loại sử dụng cho tàu bay phải nằm trong danh sách khuyến cáo của các nhà sản xuất và được sự chấp thuận của các hãng hàng không.
Nhân viên thực hiện vệ sinh và khử khuẩn phải được huấn luyện thường xuyên, trang bị phòng hộ cá nhân bao gồm quần, áo, kính, mũ, khẩu trang, găng tay, ủng, phù hợp với khu vực thực hiện vệ sinh, khử khuẩn và phòng chống các tác nhân gây bệnh.
Thiết bị khử khuẩn được bảo dưỡng, bảo quản tốt, có hướng dẫn vận hành để việc sử dụng không ảnh hưởng đến cảng hàng không, phương tiện vận chuyển và tàu bay.
Việc khử khuẩn được thực hiện khi phát hiện mang hoặc có dấu hiệu mang mầm bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A theo quy định, theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền hoặc theo đề nghị của người đại diện tàu bay.
Bên cạnh đó, hướng dẫn cũng nêu rõ yêu cầu khử khuẩn tại nhà ga hành khách khi phát hiện tác nhân gây bệnh truyền nhiễm. Theo đó, vệ sinh và khử khuẩn các khu vực công cộng tại sân bay nên thực hiện hằng ngày, hằng tuần hoặc hằng tháng và tăng tần suất vệ sinh, khử khuẩn khi đang có dịch bệnh truyền nhiễm nguy hiểm liên quan đến vận chuyển hàng không, thường do nhân viên chuyên trách của cảng hàng không thực hiện và có sự giám sát của cơ quan kiểm dịch y tế.
Tùy theo kết quả kiểm tra, giám sát về tác nhân gây bệnh, mức độ lây lan, mức độ di chuyển, giao tiếp của người bệnh, nghi nhiễm bệnh và mật độ người trong khu vực nhà ga có liên quan mà kiểm dịch viên quyết định mức độ khử khuẩn.
Bất kỳ khu vực nào bị phát hiện có trường hợp nghi ngờ hoặc mắc bệnh truyền nhiễm nhóm A hoặc bệnh truyền nhiễm nguy hiểm khác hoặc có hành khách từ vùng dịch nguy hiểm về sẽ được kiểm dịch viên y tế trực tiếp thực hiện khử khuẩn hoặc đơn vị khử khuẩn chuyên nghiệp thực hiện với sự giám sát của kiểm dịch viên y tế.
Cục Y tế dự phòng tổ chức triển khai phổ biến hướng dẫn khử khuẩn khu vực cảng hàng không và tàu bay trong phòng chống bệnh truyền nhiễm tại các cảng hàng không trên phạm vi toàn quốc, cung cấp tình hình dịch bệnh truyền nhiễm nhóm A cần phải xử lý y tế trên thế giới tới các tổ chức kiểm dịch y tế.
Các đơn vị hoạt động tại cảng hàng không, sân bay có trách nhiệm tổ chức và bảo đảm các điều kiện thực hiện hoạt động vệ sinh, khử khuẩn khu vực cảng hàng không và tàu bay trong phòng chống bệnh truyền nhiễm.