Theo đó, ở lớp 1, lớp 2 và lớp 3, Lịch sử được tích hợp trong môn Tự nhiên và Xã hội. Từ lớp 4 đến lớp 9, Lịch sử được tích hợp trong môn Lịch sử và Địa lí; từ lớp 10 đến lớp 12, Lịch sử là môn học độc lập.
Để thực hiện yêu cầu dạy học tích hợp, chương trình giáo dục Tự nhiên và Xã hội, Lịch sử và Địa lí ở cấp tiểu học được thiết kế theo các chủ đề, hướng dẫn học sinh tìm hiểu các vấn đề tự nhiên và xã hội, lịch sử và địa lí với không gian mở rộng dần từ địa phương đến các vùng, cả nước và thế giới; từ gia đình, đến xã hội, địa phương, đất nước, khu vực và thế giới
Theo GS.TS Phạm Hồng Tung, chương trình Lịch sử và Địa lí cấp THCS một mặt bảo đảm tính tích hợp, mặt khác bảo đảm tính hệ thống của các kiến thức cốt lõi về lịch sử, địa lí; cụ thể, nội dung Lịch sử là “thông sử”, bao quát toàn bộ tiến trình lịch sử dân tộc và nhân loại từ cổ đại đến hiện đại.
Chương trình môn Lịch sử cấp THPT được thiết kế theo các chủ đề và một số chuyên đề để hệ thống hóa kiến thức đã học dưới góc nhìn có tính khái quát hơn và sâu hơn.
Những học sinh lựa chọn định hướng khoa học xã hội và nhân văn còn được học thêm các chuyên đề học tập để có kiến thức sâu hơn, phục vụ cho định hướng nghề nghiệp tương lai.