Phòng thí nghiệm Công nghệ Nano được đầu tư ban đầu từ Dự án Giáo dục Đại học (tiểu dự án C2) do Ngân hàng Thế giới tài trợ với tổng kinh phí gần 4 triệu USD.
Dự án C2 đã tạo một “cú hích” quyết định cho chiến lược phát triển công nghệ micro-nano tại Đại học Quốc gia TPHCM nói riêng và các tỉnh phía Nam nói chung với sự ra đời của LNT; tạo điều kiện mở đầu cho sự phát triển quan hệ hợp tác bình đẳng với các cơ quan nghiên cứu nước ngoài trong lĩnh vực công nghệ cao, bắt đầu từ hợp tác với CEA-LETI-MINATEC, Cộng hòa Pháp.
Trong năm 2014, LNT đã được Trường Đại học Kyushu (Nhật Bản) chọn lựa làm đối tác chiến lược để thực hiện dự án “Nghiên cứu xử lý chất thải trong nuôi trồng thủy sản, chuyển đổi thành năng lượng điện thông qua pin nhiên liệu rắn thế hệ mới - góp phần phát triển bền vững vùng Đồng bằng Sông Cửu Long”. Đây là 1 trong 2 dự án hợp tác kỹ thuật được tài trợ vốn ODA không hoàn lại từ Cơ quan Hợp tác Quốc tế Nhật Bản (JICA) tại Việt Nam trong năm 2014.
Việc triển khai thực hiện dự án thành công đã tạo điều kiện tốt cho LNT xây dựng tòa nhà Phòng thí nghiệm Pin nhiên liệu thế hệ mới trên nền oxid rắn (SOFC) đầu tiên ở Việt Nam tại LNT và Phòng thí nghiệm tại địa điểm thử nghiệm ở Công ty tôm Hoàng Vũ (Bến Tre) với mong muốn giải quyết các vấn đề liên quan đến xử lý nước, chất thải hữu cơ trong các hoạt động nông nghiệp và tạo ra nguồn năng lượng xanh sạch phục vụ sinh hoạt và hoạt động nông nghiệp
