Theo quyết định, Trường THCS Năng khiếu Đại học Sư phạm (tên gọi tiếng Anh là HNUE Elite Middle School; viết tắt là HEMS), có trụ sở tại số 136 Xuân Thủy, phường Dịch Vọng Hậu (quận Cầu Giấy, Hà Nội) – trong khuôn viên của Trường Đại học Sư phạm Hà Nội.
Quyết định của UBND quận Cầu Giấy cũng nêu: Trường THCS Năng khiếu Đại học Sư phạm là cơ sở giáo dục và đào tạo công lập trong hệ thống giáo dục quốc dân và trong hệ thống các trường phổ thông của quận Cầu Giấy; có tư cách pháp nhân, được sử dụng con dấu riêng và mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo đúng quy định của pháp luật.
Trường được tổ chức và hoạt động tuân thủ các quy định hiện hành của Bộ GD&ĐT đối với trường THCS và trường thực hành sư phạm.
Trường chịu sự quản lý trực tiếp, toàn diện của Trường Đại học Sư phạm Hà Nội, chịu sự chỉ đạo về chuyên môn nghiệp vụ của Phòng GD&ĐT quận Cầu Giấy và chịu sự quản lý nhà nước trên địa bàn của UBND quận Cầu Giấy.
Biên chế viên chức của Trường THCS Năng khiếu Đại học Sư phạm được xác định theo quy định hiện hành của pháp luật về định mức biên chế viên chức ở các cơ sở giáo dục phổ thông công lập, trong tổng biên chế viên chức của Trường Đại học Sư phạm Hà Nội phân bổ hàng năm.
Như vậy hiện Trường đại học Sư phạm Hà Nội có 5 trường công lập trực thuộc, gồm Trường mầm non Búp Sen Xanh, Trường tiểu học thực hành Nguyễn Tất Thành, Trường THCS và THPT Nguyễn Tất Thành, Trường THPT chuyên đại học Sư phạm, Trường THCS Năng khiếu đại học Sư phạm.
Trước đó, Giám đốc Sở GD&ĐT Hà Nội Trần Thế Cương đã đề xuất thành lập các trường THCS chất lượng cao trực thuộc 4 trường chuyên của thành phố (THPT chuyên Hà Nội - Amsterdam, THPT chuyên Nguyễn Huệ, THPT chuyên Chu Văn An, THPT chuyên Sơn Tây) để nâng cao chất lượng đầu vào các trường chuyên, đồng thời giải tỏa áp lực cho các trường THCS chất lượng cao trên địa bàn thành phố.
