Bên cạnh những kết quả tích cực, thì những hạn chế, bất cập trong lĩnh vực này cũng bộc lộ khá rõ ràng. Thực tế cho thấy, tỷ lệ thực tập sinh Việt Nam bỏ hợp đồng, cư trú bất hợp pháp khá cao; tỷ lệ thực tập sinh, du học sinh phạm tội, ăn cắp của Việt Nam cũng cao nhất so với các quốc gia như Hàn Quốc, Trung Quốc... Nguyên nhân dẫn đến tình trạng này được cho là chủ yếu xuất phát từ vấn đề tiền lương. Người lao động bỏ trốn để có thể tìm kiếm được nơi làm việc mới có mức lương cao hơn.
Nhằm giảm thiểu những vấn đề tiêu cực nêu trên, về phía Nhật Bản đã đưa ra nhóm giải pháp đối với thực tập sinh kỹ năng như: Vận dụng hợp lý chế độ thực tập kỹ năng mới dựa trên Luật Thực tập kỹ năng; Tăng cường quảng bá về chế độ thực tập sinh kỹ năng mới khi thực thi Luật Thực tập sinh kỹ năng; Thu thập thông tin và đề nghị các nước hợp tác giúp đỡ thông qua các cơ quan đại diện ngoại giao ở nước ngoài; Thu thập thông tin, phân tích và chia sẻ thông tin giữa các bộ, ngành liên quan.
Đại sứ quán Nhật Bản tại Việt Nam cũng đã nỗ lực thực hiện nhiều giải pháp như: Tăng cường phỏng vấn khi xem xét cấp visa; Thông báo tới các cơ quan liên quan của Nhật Bản và Việt Nam thông tin về các công ty tư vấn du học sinh và trung tâm tiếng Nhật có vấn đề; Đề nghị Chính phủ Việt Nam tăng cường quản lý đối với các cơ quan phái cử kém chất lượng; Thực hiện thông báo rộng rãi về mức trần các khoản phí, nghiêm cấm tiền ký quỹ, cảnh báo trung gian môi giới tới những người có nguyện vọng đi du học hoặc thực tập kỹ năng tại Nhật Bản.
