Chương trình đào tạo tiến sĩ Quản trị kinh doanh của trường được xây dựng theo chương trình đào tạo trình độ tiến sĩ của các trường: Trường Quản lý Kellogg thuộc Đại học Northwestern (Hoa Kỳ), Trường Quản lý MIT Sloan thuộc Viện Kỹ thuật Massachusetts (Hoa Kỳ), Trường Đại học Chicago (Hoa Kỳ), Trường Đại học New South Wales (Úc) và Trường Đại học Melbourne (Úc).
Toàn bộ chương trình được giảng dạy, nghiên cứu và bảo vệ luận án tiến sĩ bằng tiếng Anh.
Nhà trường sẽ tuyển sinh đào tạo trình độ tiến sĩ ngành Quản trị kinh doanh trong năm 2015 và những năm tiếp theo vào 2 đợt: Tháng 5 và tháng 10 hàng năm. Chỉ tiêu năm 2015 được ĐHQG TPHCM cho phép đào tạo trình độ tiến sĩ ngành Quản trị kinh doanh và ngành Công nghệ sinh học là 20 chỉ tiêu.
