Tại bản Kết luận điều tra lần thứ 2 của Cơ quan CSĐT - Bộ Công an, cơ quan này đã đề nghị truy tố 10 bị can nguyên là lãnh đạo, cán bộ Ngân hàng TMCP Nam Việt về tội cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng.
Các bị can bị đề nghị truy tố gồm: Lê Quang Trí (nguyên tổng giám đốc); Cao Kim Sơn Cương, Nguyễn Giang Nam, Nguyễn Hồng Sơn (cùng nguyên phó tổng giám đốc); Phạm Thị Thu Hiền (nguyên trưởng phòng pháp chế); Nguyễn Ngọc Oanh (nguyên trưởng phòng quản lý rủi ro); Trần Thanh Bình (nguyên trưởng phòng quan hệ khách hàng); Đinh Thị Đoan Trang (nguyên trưởng phòng dịch vụ khách hàng); Đoàn Đăng Luật (nguyên trưởng phòng kinh doanh tiền tệ); Huỳnh Vĩnh Phát (nguyên trưởng phòng kế toán).
Trước đó, TAND TP.HCM và Viện KSND tối cao đã trả hồ sơ vụ án Huỳnh Thị Huyền Như (nguyên Phó phòng Quản lý rủi ro VietinBank chi nhánh TP.HCM) và đồng phạm lừa đảo chiếm đoạt tài sản, đề nghị điều tra làm rõ một số vấn đề.
Ngày 7.1.2015, Tòa phúc thẩm TAND tối cao tại TP.HCM đã tuyên án chung thân đối với Huyền Như về tội làm giả con dấu tài liệu của cơ quan tổ chức và tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản của 4 công ty, 3 cá nhân và 3 ngân hàng (trong đó có Navibank với số tiền 200 tỉ đồng).
Theo kết luận điều tra mới, tháng 4.2011, Lê Quang Trí chủ trì cuộc họp thống nhất chủ trương thông qua các nhân viên Navibank đứng tên, gửi hơn 1.543 tỉ đồng vào VietinBank CN Nhà Bè và CN TP.HCM, đã nhận gần 76 tỉ đồng tiền lãi (với lãi suất 16,5%/năm đến 22,5%/năm). Việc làm này được thực hiện sau khi Đoàn Đăng Luật thỏa thuận riêng với Võ Anh Tuấn (nguyên Phó giám đốc VietinBank CN Nhà Bè) và Huyền Như.
Đến tháng 7.2011, VietinBank CN Nhà Bè quyết toán cho Navibank hơn 1.000 tỉ đồng, còn 500 tỉ đồng chưa đến hạn quyết toán. Võ Anh Tuấn đề nghị đại diện của Navibank gửi 500 tỉ này vào VietinBank CN TP.HCM. Ngay lập tức, nhân viên Navibank đã ký 18 hợp đồng tại VietinBank CN TP.HCM để gửi 500 tỉ đồng, lãi suất 14%/năm, thời hạn 4 tháng. Đến 7.9.2011, Huyền Như đã tất toán 12 hợp đồng số tiền 300 tỉ đồng, còn 200 tỉ đồng bị Như chiếm đoạt.
Quá trình xử phúc thẩm, Tòa phúc thẩm tuyên Navibank có chủ trương trái pháp luật thông qua hình thức cho nhân viên của mình đem tiền gửi ở VietinBank để hưởng lãi suất cao, từ đó Như lợi dụng và sử dụng thủ đoạn gian dối để chiếm đoạt của Navibank 200 tỉ đồng, tòa tuyên Như phải bồi thường cho Navibank số tiền này.
Bị can Lê Quang Trí thừa nhận hành vi vi phạm, nhưng cho rằng, việc làm này là vì mục đích sinh lợi cho Navibank, không được hưởng lợi gì. Việc thực hiện hành vi để nhân viên đứng tên gửi tiền vào VietinBank được kiểm soát rủi ro chặt nhưng Như vẫn chiếm đoạt được tiền là ngoài ý muốn chủ quan. Các bị can là lãnh đạo Navibank đều đã thừa nhận các hành vi vi phạm pháp luật của mình.
