Năm 1209, kinh thành Thăng Long có biến bởi loạn Quách Bốc (Bốc là bộ tướng của Phạm Bỉnh Di cho rằng vua Lý giam cha con Di rất sai trái nên làm phản đánh phá kinh thành), thái tử nhà Lý là Lý Hạo Sảm và một số tùy tòng chạy trốn về Hải Ấp (nay thuộc Lưu Xá, Hưng Hà, Thái Bình).
Vào trong làng, thấy một ngôi nhà khang trang khuất sau một cánh cổng, bề thế, kín đáo, mọi người mời thái tử Sảm gõ cửa rồi xin chủ nhà vào nghỉ.
Sau khi phân ngôi chủ - khách, được biết chủ nhà Trần Lý (có tên khác là Trần Chép) có thời cầm đầu một phường chài lưới rất bản lĩnh, lúc đó đã thành hào trưởng giàu có, thế lực nhất vùng.
Một lát, Trần Lý truyền con gái là Trần Thị Dung (tên thật là Trần Thị Ngừ - theo phong tục gia đình đặt theo tên 1 loài cá biển, sinh năm 1193) ra dâng trà. Thấy Trần Thị Dung đậm đà, duyên dáng, thái tử ngỏ ý xin được chắp mối lương duyên. Cả nhà Trần Lý vui mừng đồng ý, chỉ có một người tỏ thái độ phản đối ngầm bằng ánh mắt và vài cử chỉ - đó là em họ của cô dâu tên là Trần Thủ Độ.
Độ là người giỏi võ, biết tập hợp trai tráng đồng niên hỗ trợ nhau khi đi biển, nhiều lần chỉ huy phường chài đánh bọn giang hồ nơi khác, kể cả cướp biển đến tranh đoạt cá, cướp đồ đánh cá…
Nhớ đến cảnh từ nay đi biển về sẽ không thấy cô chị họ ra đón với nụ cười đằm thắm, mắt lúng liếng nữa, lòng Thủ Độ rất đau, nhưng Độ vẫn kiềm chế được. Trần Thị Dung trở thành cô dâu mới, còn người anh trai là Trần Tự Khánh được phong quan tước.
Trần Tự Khánh cùng anh cả là Trần Thừa, em đằng mẹ là Tô Trung Tử... lấy thủ dụ của Lý Hạo Sảm để tập hợp lực lượng quân sự, dựng cờ mộ quân nghĩa dũng được gần 3.000 người rồi hộ tống thái tử về khôi phục kinh thành.
Do vị trí tiền bối, quan hệ là cậu của anh em Trần Thị Dung, lại là người thâm trầm, nhiều tham vọng, Tô Trung Từ được trọng dụng ngay, trở thành Điện tiền chỉ huy sứ, còn Trần Lý nhận tước Minh Tự.
Khi tiến về triều đánh Quách Bốc, Trần Lý tử trận, thế lực quân nghĩa dũng lọt vào tay Tô Trung Từ. Mùa đông 1210, vua Lý Cao Tông tạ thế lúc 38 tuổi, thái tử Hạo Sảm nối ngôi với vương hiệu là Lý Huệ Tông (1210 - 1224), lúc ấy mới 16 tuổi, còn mẹ là Đàm hậu được tôn làm Hoàng thái hậu.
Vừa lên ngôi, Huệ Tông vội sai người đem thuyền rồng đi đón Trần Thị Dung về kinh sư, nhưng người anh trai Trần Tự Khánh không đồng ý, cho rằng tình hình loạn lạc, sợ em bất lợi. Thế lực trong triều bấy giờ do Tô Trung Từ chi phối, ông lần lượt giết Thái úy Đỗ Kính Tu và dẹp tan các phe đảng chống đối.
Vua Huệ Tông lại phái người đón Trần Thị Dung về triều với sự ưng thuận của Tự Khánh. Tự Khánh còn phái 2 tướng tâm phúc hộ tống Trần Thị Dung nhập cung, bà được phong làm Nguyên phi (đứng đầu hàng thứ hai của vợ vua). Còn Tô Trung Từ trở thành Thái úy phụ chính, Trần Tự Khánh nhận tước “Chương Thành hầu”.
Mùa Hè 2011, Tô Trung Từ bị kẻ thù ám sát tại Gia Lâm, thế lực họ Tô trong triều suy yếu còn binh quyền Trần Tự Khánh ngày một thêm mạnh.
Trần Thị Dung là phụ nữ theo sách xưa là người “Tóc mượt dày, lông mày đậm, da sẫm bồ quân, thần sắc bền lâu, giầu sang phú quý” được vua Lý rất yêu chiều, nhưng thái hậu mẹ vua thì ghét bỏ, nhiều lần hãm hại bà nhưng không thành.
Đầu năm 1213, do vua nghi ngờ anh trai Trần Tự Khánh của bà phản nghịch, bà bị giáng xuống hàng Ngự nữ (bậc thấp nhất trong thê thiếp của vua). Năm 1216, bà được phong làm Thuận Trinh Phu nhân và đến cuối năm ấy lại được chính thức phong làm Hoàng hậu.
Trong khi đó, anh em, họ hàng của bà ngày càng quý hiển. Anh bà là Trần Tự Khánh được phong tước hầu, rồi giữ chức Phụ chính đại thần, người anh cả Trần Thừa được giữ chức quan Nội thị gần gũi vua, em họ là Trần Thủ Độ làm tướng chỉ huy đội cấm quân.
Dần dần, Trần Thủ Độ được thăng làm Điện tiền chỉ huy sứ, sau bổ làm thái sư nắm mọi quyền bính trong triều. Hoàng hậu Trần Thị Dung sinh được hai công chúa. Trưởng công chúa là Thuận Thiên (tên là Lý Thị Oánh), sinh năm 1216, sau gả cho Trần Liễu (phụ thân của Trần Hưng Đạo) và công chúa thứ hai là Chiêu Thánh, sinh năm 1218, sau vì Lý Huệ Tông không có con trai lại mắc bệnh thần kinh phân lập, Chiêu Thánh được truyền ngôi vào năm 1224, đó là Lý Chiêu Hoàng (1224-1225), hoàng đế cuối cùng của triều Lý.
Cuối năm 1225, Lý Chiêu Hoàng kết hôn với Trần Cảnh - em ruột của Trần Liễu (Liễu là con của Trần Thừa) và ngay sau đó thì nhường ngôi cho Trần Cảnh. Nhà Trần được lập kể từ đó; còn Lý Chiêu Hoàng ở ngôi được một năm thì nhường ngôi cho chồng là Trần Cảnh theo sắp xếp của Trần Thủ Độ (sử sách cho là có cả bàn tay của Trần Thị Dung).
Do đã có cảm tình với Thủ Độ từ trước, lại thêm về cuối đời, vua Huệ Tông không quan tâm việc nước, việc nhà, khiến hoàng hậu Trần Thị Dung chán nản duyên cũ mà trong lòng nảy sinh tình mới. Sau khi nhà Trần nắm đại quyền thay cho nhà Lý đến đầu năm 1226, bà Trần Thị Dung chính thức cải giá lấy người mình yêu là Thái sư Trần Thủ Độ, bà được tôn xưng là Linh từ Quốc mẫu.
Vợ chồng thái sư Trần Thủ Độ đã giữ vai trò to lớn trong cuộc kháng chiến chống quân Nguyên Mông lần thứ nhất năm 1257 - 1958.
Bà Trần Thị Dung đã đảm nhận việc tổ chức cho hoàng thất rút lui an toàn khỏi kinh thành. Trong hậu phương, bà góp phần đôn đốc việc mộ quân, tích trữ lương thảo, rèn đúc vũ khí... để tiếp tế cho tiền tuyến.
Trên trận tuyến, khi thấy vua lo sợ thế giặc mạnh, Trần Thủ Độ đã nói một câu ghi vào sử sách” Đầu tôi chưa rơi xin bệ hạ đừng lo” khiến vua tôi, tướng sĩ thêm tin tưởng. Cuối cùng, năm 1258, được sự chi việc của hậu phương, tình thế chín muối, Trần Thủ Độ đã đích thân cùng các tướng chỉ huy trận tổng phản công chiến lược đánh vào cứ điểm trung tâm địch ở Đông Bộ Đầu, khiến quân địch bị tan vỡ phải tháo chạy về nước.
Hết chiến tranh, vợ chồng bà Trần Thị Dung lại sát cánh bên nhau hạnh phúc cho đến tuổi già. Bà mất năm 1259. Hai người có 1 con trai chung tên là Trần Phó Duyệt.
Cuộc đời bà Trần Thị Dung gắn chặt, có vai trò nhất định đối với sự chuyển đổi quyền lực từ nhà Lý sang nhà Trần. Có thể nói bà là người phụ nữa thông minh, quyền biến, dám vượt phận, dũng cảm chịu thách thức số phận, nhiều lần bị thay ngôi đổi vị, do sự biến đổi của thời thế, nhưng biết kiên trì sống vì mục đích.
Có nhiều ý kiến phê phán bà không trọn nghĩa với vua Lý, đi đầu và khuyến khích việc kết hôn cận huyết trong họ tộc, tái giá với kẻ sát hại chồng mình. Bà cũng tham gia sắp đặt, dàn xếp để con gái lấy cháu ruột, hoà giải 2 cháu là con rể…
Tuy nhiên, những người ủng hộ bà cho rằng những việc làm của bà đều vì mục đích lớn lao là: Xây dựng triều Trần, duy trì sự tồn tại và phát triển cơ nghiệp của họ Trần vốn phát tích từ quê hương Tức Mặc, Thiên Trường, Nam Định.
