Theo Kết luận, quá trình thanh tra đã phát hiện một số hạn chế, thiếu sót các lĩnh vực như: Xây dựng, ban hành các văn bản quản lý Nhà nước về giáo dục; thực hiện quy hoạch mạng lưới trường, lớp trên địa bàn; Quản lý, sử dụng ngân sách nhà nước (NSNN) chi cho giáo dục theo quy định; việc thu, chi học phí, lệ phí và các khoản thu hợp pháp khác đối với các cơ sở giáo dục; về đội ngũ nhà giáo, CBQLGD và chế độ, chính sách cho đội ngũ nhà giáo, CBQLGD tại địa phương; Việc quản lý các dịch vụ tư vấn du học, các trung tâm ngoại ngữ, tin học trên địa bàn và công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, giải quyết tố cáo.
Riêng về quản lý thu chi, kết luận nêu rõ: Tỷ lệ thực hiện chi thường xuyên cho hoạt động giáo dục theo định mức phân bổ tại các huyện được kiểm tra thấp hơn khá nhiều so với tỷ lệ bình quân chung toàn tỉnh, nhất là cấp học mầm non.
Tỷ lệ chi thường xuyên cho hoạt động giáo dục tại các cơ sở giáo dục không đảm bảo quy định tại Quyết định số 59/2010/QĐ-TTg và Quyết định số 46/2016/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, ảnh hưởng đến chất lượng giáo dục.
Ngoài ra, mức chi thường xuyên bình quân học sinh/cấp học thấp so với bình quân chung cả nước theo Quyết định sổ 239/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ; định mức chi trên học sinh công lập chưa phù hợp giữa các cấp học. Tỷ lệ chi đầu tư cho giáo dục trên tổng chi đầu tư phát triển của tỉnh đạt tỷ lệ thấp so với chi đầu tư toàn tỉnh.
Việc xây dựng định mức phân bổ từ nguồn chi thường xuyên cho GD-ĐT sang chi đầu tư năm 2015, tiết kiệm 10% chi thường xuyên để xây dựng nông thôn mới không đúng với quyết định giao dự toán của Bộ Tài chính.
Việc ban hành các khoản thu, mức thu theo Quyết định số 2814/QĐ-ƯBND tại các cơ sở giáo dục công lập có nội dung quy định mức thu trần về tăng cường cơ sở vật chất chưa phù hợp với quy định của Bộ GDĐT.
Việc quản lý thu, chi còn một số nội dung chưa đúng với quy định tài chính: chi nguồn học phí, thu thỏa thuận để trả lương giáo viên hợp đồng; chi kinh phí cho đào tạo mới giáo viên phổ thông tại Trường Cao đẳng Sư phạm trong khi giảng viên thừa.
Ngoài ra, việc xây dựng dự toán thu học phí còn bất cập, chi lương cho giáo viên hợp đồng do trường ký làm giảm nguồn chi chuyên môn của cơ sở giáo dục.
Sở GDĐT, phòng GDĐT là đơn vị dự toán cấp I nhưng mới được thực hiện đối với chi thường xuyên, chưa được thực hiện quyền hạn với chi đầu tư.
Quyền chủ động của đơn vị dự toán cấp I bị hạn chế do tiêu chí phân bổ cố định, bình quân, không thực hiện được việc điều chỉnh ưu tiên cho những nhiệm vụ trọng tâm, đặc thù trong năm.
Phát biểu tại buổi thông báo Kết luận thanh tra, ông Nguyên Huy Bằng – Chánh Thanh tra Bộ GD&ĐT cho biết: Đây là đợt thanh tra bình thường, để cùng nhau nhìn lại quá trình quản lý nhà nước về giáo dục của địa phương, từ có có nhận thức đúng đắn hơn trong chỉ đạo, điều hành và những gì làm chưa tốt, còn thiếu sót thì phải sửa chữa để làm tốt hơn.
Ông Nguyễn Huy Bằng cũng đề nghị UBND tỉnh Thái Bình sớm khắc phục hậu quả những thiếu sót trong công tác quản lý nhà nước về giáo dục, đồng thời có biện pháp chấn chỉnh kịp thời về những hạn chế, thiếu sót được nêu trong Kết luận thanh tra. Chủ tịch UBND tỉnh tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các cơ quan, đơn vị, cá nhân đã để xảy ra các hạn chế, thiếu sót.
Theo Kết luận, việc kiểm điểm trách nhiệm hoàn thành trước ngày 30/3 và báo cáo về Bộ GD&ĐT trước ngày 15/4. Tuy nhiên, UBND tỉnh đề nghị được lùi thời gian đến trước ngày 30/4/2018.
