Nguyên nhân là do một số trường học chưa quan tâm bố trí kinh phí cho vệ sinh học đường, việc tổ chức vệ sinh không được thực hiện thường xuyên. Đặc biệt nhiều trường học chưa có người làm công việc vệ sinh thường xuyên, chuyên trách mà do bảo vệ, nấu ăn kiêm nhiệm vì vậy việc mất vệ sinh là khó tránh khỏi.
Một số trường học ban đầu đầu tư xây dựng khu vệ sinh khá hiện đại, khang trang nhưng sau đó thì không tổ chức dọn dẹp vệ sinh thường xuyên nên lâu dần cũng gây ra mất vệ sinh. Nhiều em vì khu vệ sinh ở trường mất vệ sinh mà không dám đi vệ sinh, thậm chí “nín” cả buổi về nhà mới đi!
Các em học sinh tuổi còn nhỏ, nhiều em chưa có ý thức trong việc giữ gìn vệ sinh chung nên hay vứt rác, giấy vệ sinh... gây mất vệ sinh trong các khu vệ sinh chung. Do đó, khu vệ sinh hiện đại, sạch sẽ đến đâu nhưng nếu không được thường xuyên dọn dẹp, vệ sinh và có người chịu trách nhiệm về việc này thì sau một thời gian cũng sẽ... mất vệ sinh!
Hiện nay, các trường học thường tổ chức nội trú, bán trú nên vấn đề vệ sinh trong trường học lại càng quan trọng. Nhiều người có cho rằng cần người bố trí người lao công, vệ sinh thường xuyên trong các trường học, bởi vì thực tế vệ sinh còn quan trọng hơn cả bố trí bộ phận khác như y tế, bảo vệ trường học...
Vấn đề vệ sinh trường học có ý nghĩa đặc biệt quan trọng đối với việc bảo vệ sức khỏe cho giáo viên, học sinh. Bên cạnh đó, việc nếu vệ sinh trường học không tốt thì có thể dẫn đến phát sinh bệnh tật và là ổ dịch làm lây lan bệnh tật cho cộng đồng.
Do đó, không chỉ các em học sinh mà cả các bậc phụ huynh rất cần nhà trường quan tâm đầu tư, bố trí nhân viên thường xuyên thường xuyên dọn dẹp, vệ sinh trường học, nhất là đảm bảo khu vệ sinh luôn sạch sẽ.
Thiết nghĩ, cơ quan quản lý giáo dục cơ sở cần đặt tiêu chí về vệ sinh trường học làm tiêu chí thi đua, đánh giá mức độ hoàn thành nhiệm vụ của ban giám hiệu các trường học. Có như vậy, vấn đề vệ sinh trường học mới được quan tâm đúng mức, giúp giáo viên, học sinh có môi trường học tập sạch sẽ, trong lành, đảm bảo giữ gìn sức khỏe, chống lại các loại bệnh tật.