Kể từ đó, các nhà nghiên cứu đã dần khám phá ra nhiều điều về Thonis-Heracleion, nơi trung chuyển mọi chuyến hàng buôn từ Hy Lạp và Địa Trung Hải tới Ai Cập.
Các nhà khảo cổ đã tìm thấy hơn 64 xác tàu đắm, những đồng tiền vàng và cả những bức tượng khổng lồ cao gần 5m tại đây. Những phiến đá có khắc chữ Hy Lạp và Ai Cập cổ đại cũng đã được chuyển lên bờ.
Có rất ít giả thuyết lý giải tại sao thành phố này lại chìm xuống đáy biển sau khi được xây dựng nên vào thế kỷ thứ 8 sau Công nguyên. Các nhà khoa học cho rằng trước khi bị chìm, thành phố này đã nằm ở cửa ngõ của đồng bằng sông Nile.
Truyền thuyết kể lại rằng, Paris và Helen thành Troy đã ẩn náu tại đây trên đường chạy trốn vua Menelaus, người chồng ghen tuông của Helen trước khi cuộc chiến thành Troy bùng nổ.
Trong số những bức tượng lớn nhất được tìm thấy ở thành phố dưới nước có bức tượng đá granite đỏ cao tới 5,4m tạc hình thần Hapi, nữ thần của dòng sông Nile. Điều này cho thấy tầm quan trọng của thành phố này với người cổ đại.
Bên cạnh đó, một trong những hiện vật còn nguyên vẹn nhất được tìm thấy ở đây là bức tượng một vị nữ hoàng Ai Cập thời kỳ thuộc Hy Lạp tạc trên đá đen, có thể là Cleopatra II hoặc III mặc trang phục giống nữ thần Isis.
Theo thời gian, Thonis-Heracleion, cùng nhiều thành phố khác có chung số phận đã biến mất khỏi ký ức con người và chỉ được nhắc đến trong một vài văn bản lịch sử.
Một giả thuyết đặt ra là thành phố này biến mất vì nước biển dâng cộng với lớp trầm tích bên dưới nó bị sụp đổ, khiến toàn khu vực chìm xuống nước. Một giả thuyết khác lại cho rằng thành phố biến mất vì các thảm họa thiên nhiên.
Nhà khảo cổ Franck Goddio và đội nghiên cứu của mình là những người đã khám phá Thonis-Heracleion trong chuyến thám hiểm kéo dài ba năm.
Ông cho biết: "Những khám phá của chúng tôi đã củng cố tầm quan trọng của việc tìm ra vị trí chính xác của thành phố nằm ở cửa biển Hy Lạp. Cuộc nghiên cứu chỉ vừa mới bắt đầu. Cho dù phải mất 200 năm nữa, chúng tôi vẫn sẽ tiếp tục khám phá và tìm hiểu mọi điều về Thonis-Heracleion."
Tiến sỹ Damian Robinson thuộc Đại học Oxford chia sẻ: "Khu di tích này có những hiện vật được bảo quản rất tốt. Chúng tôi đang tiến tới khai quật những khu vực hấp dẫn hơn tại đây để hiểu về cuộc sống của người cổ đại. Nhiều điều đã được làm sáng tỏ, ví dụ như hoạt động buôn bán tấp nập ở đây hay bản chất của nền kinh tế biển cuối thời kỳ Ai Cập cổ đại".
