Theo quy chế, tổ chức và hoạt động Đoàn thanh tra tuân thủ nguyên tắc hoạt động thanh tra được quy định tại Điều 4 Luật Thanh tra; bảo đảm kỷ cương, kỷ luật trong hoạt động thanh tra được quy định tại Điều 53 Luật Thanh tra.
Việc tiến hành thanh tra phải đúng thẩm quyền, trình tự, thủ tục theo quy định của pháp luật; đúng nội dung, phạm vi, đối tượng, thời kỳ, thời hạn thanh tra theo Quyết định thanh tra, Kế hoạch tiến hành thanh tra và theo chỉ đạo của Chánh Thanh tra.
Căn cứ kế hoạch thanh tra hằng năm hoặc nhiệm vụ thanh tra đột xuất được giao, Chánh Thanh tra chỉ đạo việc xây dựng và ban hành quyết định thanh tra. Nội dung Quyết định thanh tra theo quy định tại khoản 2 Điều 59 Luật Thanh tra.
Căn cứ Quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra chủ trì xây dựng Kế hoạch tiến hành thanh tra trình Chánh Thanh tra phê duyệt; tổ chức họp Đoàn thanh tra để phổ biến kế hoạch tiến hành thanh tra và phân công nhiệm vụ cho các thành viên của Đoàn thanh tra. Nội dung Kế hoạch tiến hành thanh tra theo quy định tại khoản 2 Điều 61 Luật Thanh tra.
Chánh Thanh tra chỉ đạo việc đề xuất người tham gia Đoàn thanh tra (tiêu chuẩn Trưởng đoàn, Phó Trưởng đoàn thanh tra theo quy định tại Điều 60 Luật Thanh tra); quyết định trưng tập người tham gia Đoàn thanh tra là thanh tra viên của cơ quan thanh tra cấp dưới hoặc công chức, viên chức của các đơn vị; quyết định việc thay đổi Trưởng đoàn thanh tra, Phó Trưởng đoàn thanh tra và thay đổi, bổ sung thành viên Đoàn thanh tra theo quy định tại Nghị định số 43/2023/NĐ-CP.
Khi dự thảo Kết luận thanh tra đã được gửi lấy kiến các chủ thể có liên quan theo quy định, Chánh Thanh tra có trách nhiệm tổ chức thẩm định dự thảo kết luận thanh tra hành chính. Trong trường hợp cần thiết, tổ chức thẩm định dự thảo kết luận thanh tra chuyên ngành; chỉ đạo việc xem xét, tiếp thu ý kiến thẩm định và hoàn thiện dự thảo kết luận thanh tra.
Quy chế quy định rõ các hành vi bị nghiêm cấm gồm:
Các hành vi được quy định tại Điều 8 Luật Thanh tra.
Tự ý tiếp xúc với đối tượng thanh tra và cơ quan, tổ chức cá nhân có liên quan đến nội dung thanh tra khi chưa được giao nhiệm vụ.
Nhận tiền, quà, tài sản; tổ chức, tham gia giao lưu, ăn uống với đối tượng thanh tra dưới mọi hình thức; sử dụng phương tiện, tài sản của đối tượng thanh tra vào việc riêng.
Sử dụng rượu, bia trước và trong giờ làm việc, giờ nghỉ trưa các ngày làm việc của Đoàn thanh tra.
