Nghị định trên quy định đối với mỗi hành vi vi phạm hành chính trong hoạt động khoa học và công nghệ, chuyển giao công nghệ, cá nhân, tổ chức phải chịu một trong các hình thức xử phạt chính là cảnh cáo hoặc phạt tiền.
Mức phạt tiền tối đa trong hoạt động khoa học và công nghệ, chuyển giao công nghệ đối với cá nhân là 50.000.000 đồng, đối với tổ chức là 100.000.000 đồng.
Tuỳ theo tính chất, mức độ vi phạm, cá nhân, tổ chức có hành vi vi phạm còn có thể bị áp dụng một hoặc nhiều hình thức xử phạt bổ sung sau: a- Tước quyền sử dụng có thời hạn từ 1 đến 3 tháng: Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ, Giấy chứng nhận hoạt động văn phòng đại diện, chi nhánh, Giấy phép chuyển giao công nghệ, Giấy chứng nhận đăng ký chuyển giao công nghệ, Giấy chứng nhận đăng ký gia hạn, sửa đổi, bổ sung nội dung chuyển giao công nghệ, Giấy chứng nhận đủ điều kiện hoạt động dịch vụ đánh giá, giám định công nghệ; b- Tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm hành chính.
Ngoài các biện pháp khắc phục hậu quả như trên, tổ chức, cá nhân vi phạm hành chính có thể bị áp dụng một hoặc nhiều biện pháp khắc phục hậu quả sau: 1- Buộc cải chính thông tin sai sự thật; 2- Buộc nộp lại số lợi bất hợp pháp có được do thực hiện hành vi vi phạm; 3- Buộc hủy bỏ hồ sơ, tài liệu có số liệu, nội dung sai sự thật; 4- Buộc hủy bỏ báo cáo sai sự thật về tiến độ, nội dung, kết quả nghiên cứu; 5- Buộc hoàn trả số tiền đã chiếm dụng bất hợp pháp; 6- Buộc nộp lại số tiền đã sử dụng sai mục đích, sử dụng trùng lặp; 7- Buộc nộp lại số tiền không hoàn trả đúng hạn; 8- Buộc đưa ra khỏi lãnh thổ nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam hoặc buộc tái xuất hàng hóa, vật phẩm, trang thiết bị, phương tiện; 9- Buộc hủy bỏ kết quả công nhận giải thưởng; 10- Buộc phân chia đúng tỷ lệ phân chia lợi nhuận thu được từ thương mại hóa kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ…
