Trong vụ án này có tới 12 bị cáo bị đưa ra xét xử. Ông Đinh La Thăng, cựu Chủ tịch HĐQT Tập đoàn Dầu khí Việt Nam - PVN bị cáo buộc “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng”.
Bị cáo Trịnh Xuân Thanh, cựu Chủ tịch HĐQT, Tổng Giám đốc Tổng Công ty cổ phần xây lắp Dầu khí Việt Nam - PVC liên quan tới 2 hành vi “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng” và “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Theo cáo trạng của VKSND cùng cấp, ngày 17/7/2007, Hội đồng quản trị (HĐQT) PVN ra Nghị quyết giao cho Tổng Giám đốc PVN xây dựng đề án đầu tư xây dựng Nhà máy sản xuất Ethanol nhiên liệu ở khu vực phía Bắc. Ba tháng sau, bị cáo Đinh La Thăng (khi đó là Chủ tịch HĐQT PVN) đã ký ban hành Nghị quyết "chấp thuận chủ trương đầu tư Nhà máy sản xuất Ethanol khu vực phía Bắc".
Theo đó, Công ty cổ phần Hóa dầu và Nhiêu liệu sinh học Dầu khí (PVB) được thành lập để làm chủ đầu tư dự án xây dựng Nhà máy sản xuất Ethanol nhiên liệu khu vực phía Bắc (tại huyện Tam Nông, tỉnh Phú Thọ).
Tới tháng 9/2008, PVB có quyết định phê duyệt hồ sơ mời sơ tuyển gói thầu TK05 xây dựng Nhà máy sản xuất Ethanol nhiên liệu khu vực phía Bắc để sơ tuyển lựa chọn nhà thầu.
Thời điểm đó, bị cáo Trịnh Xuân Thanh đã ký văn bản gửi PVB đề nghị hạ một số tiêu chí đánh giá về năng lực kỹ thuật, năng lực tài chính, kinh nghiệm nhà thầu nhưng không được PVB chấp thuận. Tiếp đó PVC đã thành lập Liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T để nộp hồ sơ dự tuyển gói thầu trên nhưng chưa đạt các tiêu chí về năng lực kỹ thuật, năng lực tư vấn thiết kế, năng lực về xây dựng...
Mặc dù biết PVC không đủ năng lực nhưng với vai trò là Chủ tịch HĐQT PVN, bị cáo Đinh La Thăng đã chủ trì nhiều cuộc họp để định hướng việc giao thầu cho PVC theo như đề nghị của bị cáo Trịnh Xuân Thanh.
Thực hiện chỉ đạo của bị cáo Đinh La Thăng, PVB đã không tổ chức đấu thầu theo kế hoạch mà lập hồ sơ để chỉ định thầu cho Liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T.
Quá trình thực hiện, do Liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực nên Dự án Ethanol Phú Thọ liên tục bị chậm tiến độ. PVC sau đó cũng có báo cáo thừa nhận Liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực để thực hiện dự án.
Tháng 3/2013, PVC đã đơn phương dừng thi công dự án và chưa có hạng mục nào hoàn thành. PVC đưa ra lý do việc dừng dự án vì đơn vị gặp nhiều khó khăn về tài chính, hoàn toàn chưa có kinh nghiệm quản lý và kết nối các giao diện về công nghệ...
Với chuỗi sai phạm kéo dài đó của các bị cáo trong vụ án này đã gây ra thiệt hại cho PVB tổng số tiền hơn 543 tỷ đồng.
