Theo HĐXX tại phiên tòa, 20 bị cáo thừa nhận hành vi vi phạm đúng như nội dung cáo trạng. Bị cáo Đinh La Thăng thừa nhận hành vi nhưng xác định không phạm tội danh như cáo trạng truy tố.
HĐXX nhận định đối với Đinh Ngọc Hệ (tức Út “Trọc” bị cáo dùng thủ đoạn đăng ký 2 công ty của mình là Yên Khánh và Khánh An tham gia đấu giá, làm giả hồ sơ năng lực nhưng chỉ cho một công ty tham gia để chắc chắn mua được quyền thu phí cao tốc.
Khi vào thu phí, Hệ đã chỉ đạo nhân viên sử dụng phần mềm, sử dụng công nghệ cao nhằm chiếm đoạt tài sản Nhà nước thông qua việc mua được quyền thu phí cao tốc Trung Lương với giá 2.004 tỷ đồng.
Ngay từ đầu, Hệ đã lợi dụng mối quan hệ với ông Đinh La Thăng để được ưu ái trong việc tiếp nhận quyền thu phí nên nhóm bị cáo tại Bộ GTVT đã vi phạm trong việc sử dụng, bán tài sản Nhà nước.
Hành vi của Đinh Ngọc Hệ đã phạm vào tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" và "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi". Với vai trò chủ mưu bị cáo phải chịu trách nhiệm chính về hậu quả đã gây ra.
Về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí theo khoản 3 Điều 219 BLHS 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017) ông Đinh La Thăng (nguyên Bộ trưởng Bộ GTVT) bị tuyên mức án từ 10 năm tù. Tổng hợp với bản án trước đó, buộc bị cáo Đinh La Thăng phải chấp hành hình phạt là 30 năm tù.
Bị cáo Đinh Ngọc Hệ với hai tội danh: “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” và “Lợi dụng chức vụ quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi” chịu mức án tổng hợp là chung thân.
Về trách nhiệm dân sự, Đinh Ngọc Hệ phải bồi thường số tiền đã chiếm đoạt là 725 tỷ đồng và 3,4 tỷ được xác định tiền do phạm tội mà có trong vụ mua căn biệt thự Công ty Licogi 13.
Bị cáo, Nguyễn Hồng Trường nguyên là cán bộ của Bộ GTVT và Tổng công ty Cửu Long, phạm vào tội vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí. HĐXX tuyên phạt bị cáo Nguyễn Hồng Trường (nguyên Thứ trưởng Bộ GTVT) 4 năm 6 tháng tù.
Các bị cáo còn lại của Bộ GTVT bị tuyên phạt từ 3-4 năm tù về tội “vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí”.