Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ban hành kết luận điều tra, đề nghị Viện KSND Tối cao truy tố ông Nguyễn Đức Chung (cựu Chủ tịch UBND TP. Hà Nội) và 6 bị can khác trong vụ án vi phạm quy định đấu thầu xảy ra tại Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội và một số đơn vị liên quan.
6 bị can khác cũng đề nghị truy tố tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng gồm: Nguyễn Văn Tứ (nguyên Chánh Văn phòng Thành ủy, nguyên Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội); Nguyễn Tiến Học (nguyên Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội); Phạm Thị Kim Tuyến (nguyên Trưởng phòng thuộc Sở KH-ĐT Hà Nội); Phạm Thị Thu Hường (nguyên Chánh Văn phòng Sở KH-ĐT Hà Nội).
2 bị can còn lại là Võ Việt Hùng (Giám đốc Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh) và Lê Duy Tuấn (Giám đốc kinh doanh Công ty Đông Kinh).
Đáng chú ý, Cơ quan CSĐT Bộ Công an còn cáo buộc ông Nguyễn Mạnh Quyền (nguyên Giám đốc Sở KH-ĐT, nay là Phó Chủ tịch UBND Hà Nội) chịu trách nhiệm liên đới về những sai phạm trong quá trình đấu thầu tại Sở KH-ĐT Hà Nội.
Theo kết luận điều tra, năm 2016, Sở KH-ĐT tổ chức đấu thầu gói thầu số hoá hồ sơ đăng ký doanh nghiệp năm 2016 trên địa bàn TP. Hà Nội.
Công ty Đông Kinh do không đủ năng lực nộp hồ sơ nên rủ Công ty Nhật Cường cùng tham gia. Để hợp thức hoá việc nộp hồ sơ đấu thầu, Công ty Nhật Cường ký hợp đồng kinh tế khống với Công ty Minh Hoa (do bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa, vợ ông Nguyễn Đức Chung làm giám đốc).
Liên doanh Nhật Cường - Đông Kinh sau đó sử dụng hợp đồng khống này để hợp thức hóa hồ sơ năng lực và dự gói thầu. Do có mối quan hệ quen biết và được Bùi Quang Huy (Tổng giám đốc Công ty Nhật Cường) nhờ nên ông Nguyễn Đức Chung đã chỉ đạo đình chỉ thầu không đúng thẩm quyền, can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu.
Tiếp đó, ông Nguyễn Đức Chung đã yêu cầu Sở KH-ĐT cho Công ty Nhật Cường thực hiện thí điểm số hóa đối với gói thầu. Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh sau đó đã trúng thầu và được Sở KH-ĐT thanh toán hơn 42 tỷ đồng.
Theo kết luận điều tra, năm 2017, ông Nguyễn Mạnh Quyền là Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội, ký văn bản đăng ký bổ sung dự toán năm 2017.
Sau đó, UBND TP. Hà Nội cấp bổ sung ngân sách cho Sở này, trong đó có dự toán gói thầu số hóa trị giá hơn 18 tỷ đồng.
Tháng 12/2017, ông Quyền tiếp tục ký quyết định về việc giao dự toán chi ngân sách Nhà nước. Trong đó, phần kinh phí thực hiện số hóa tài liệu, hồ sơ đăng ký doanh nghiệp của Sở KH-ĐT là hơn 18 tỷ đồng.
Ngày 22/3/2018 đến ngày 9/5/2018, Sở KH-ĐT Hà Nội tổ chức đấu thầu gói thầu số hóa năm 2017, có 3 nhà thầu mua hồ sơ mời thầu, cuối cùng Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh lại trúng thầu.
Quá trình điều tra, ông Quyền cho biết ông làm Giám đốc Sở KH-ĐT từ tháng 7/2017 đến tháng 12/2020. Đối với gói thầu số hóa năm 2016, khi liên danh Nhật Cường - Đông Kinh trúng thầu và đang thực hiện hợp đồng, ông Quyền nói không chỉ đạo, tham gia hay liên hệ ký bất cứ hồ sơ, chứng từ nào.
Đối với gói thầu năm 2017, ông Quyền khai có ký văn bản đăng ký bổ sung dự toán năm 2017 phục vụ công tác số hóa tài liệu đăng ký kinh doanh và giao dự toán gói thầu theo đề nghị của bà Phạm Thị Kim Tuyến, Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh Sở KH-ĐT Hà Nội.
Sau khi củng cố hồ sơ, cơ quan điều tra xác định ông Nguyễn Mạnh Quyền không trực tiếp chỉ đạo hay tham gia tổ chức đầu thầu 2 gói số hóa. Tuy nhiên, với tư cách là Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội, ông Quyền là thủ trưởng đơn vị dự toán ngân sách, phải chịu trách nhiệm liên đới về những sai phạm khi đấu thầu.
Do chưa đủ căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự đối với ông Nguyễn Mạnh Quyền về sai phạm, Ủy ban Kiểm tra Trung ương đã kiểm tra và đang làm thủ tục xử lý đối với nguyên Giám đốc Sở KH-ĐT Hà Nội. Cơ quan điều tra đã gửi văn bản đề nghị UBND TP. Hà Nội xử lý theo quy định.