Quy hoạch có mục tiêu tạo dòng chảy thường xuyên cho sông Đáy nhằm giải quyết tình trạng ô nhiễm môi trường sông Đáy, cấp nước phục vụ sản xuất, sinh hoạt, phát triển kinh tế - xã hội, đồng thời cải thiện cảnh quan môi trường sinh thái vùng ven sông.Bên cạnh đó, chủ động phòng, chống lũ trên hệ thống sông Đáy, bảo đảm an toàn đê điều, góp phần bảo đảm an toàn cho Thủ đô Hà Nội và vùng ven sông Đáy thuộc các tỉnh Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình.
Đồng thời, tạo điều kiện phát triển sản xuất, ổn định đời sống nhân dân tại các khu vực phân lũ, chậm lũ thuộc hệ thống sông Đáy trước đây.
Về tiêu chuẩn phòng, chống lũ, hệ thống sông Đáy phải đảm bảo chống lũ nội tại, đồng thời chống được lũ trong trường hợp chuyển lũ từ sông Hồng vào sông Đáy với lưu lượng 2.500 m3/s theo quy định.
Một trong giải pháp phòng, chống lũ là cải tạo lòng dẫn để đảm bao đưa nước thường xuyên từ sông Hồng vào sông Đáy cả về mùa kiệt và mùa lũ, với lưu lượng tối đa 450 m3/s (không gây ngập vùng bãi sông Đáy).
Bên cạnh đó, nâng cấp, hoàn thiện đê sông Đáy khu vực Chương Mỹ, Mỹ Đức và đê hữu Đáy (tỉnh Hà Nam) để thực hiện xóa bỏ các khu chậm lũ trước đây; xử lý ẩn họa trong thân đê, trồng cây chắn sóng, trồng cỏ bảo vệ đê, tạo cảnh quan môi trường.
Về giải pháp phi công trình, cần nâng cao nhận thức về phòng, tránh, giảm nhẹ thiên tai, tuyên truyền các biện pháp phòng, tránh, đối phó, thích nghi với ngập lụt.
Tăng cường công tác quản lý đê điều, các công trình phòng chống và giảm nhẹ thiên tai, chống lấn chiếm hành lang bảo vệ đê, hành lang thoát lũ. Hướng dẫn việc cải tạo, nâng cấp, xây dựng nhà cửa, công trình tại những khu vực được phép xây dựng ở vùng bãi sông Đáy và vùng bụng chứa Vân Cốc đảm bảo tránh lũ, ổn định dân sinh, giảm thiểu thiệt hại khi phải chuyển lũ từ sông Hồng vào sông Đáy.
Tổ chức hộ đê trong mùa mưa lũ, nhất là khi phải chuyển lũ từ sông Hồng vào sông Đáy với lưu lượng tối đa nhằm phát hiện, xử lý kịp thời kho có sự cố hoặc có nguy cơ xảy ra sự cố; xây dựng phương án ứng phó khi chuyển lũ từ sông Hồng vào sông Đáy để chủ động đảm bảo an toàn dân sinh.
Việc huy động vật tư, nhân lực, phương tiện để hộ đê thực hiện theo quy định của pháp luật.
