Thứ trưởng Nguyễn Văn Phúc hiện phụ trách các lĩnh vực: Khoa học, công nghệ và môi trường; hợp tác quốc tế trong giáo dục và đào tạo; xây dựng văn bản quy phạm pháp luật và phổ biến pháp luật; giáo dục quốc phòng và an ninh; công tác chuyển đổi số, ứng dụng công nghệ thông tin trong lĩnh vực được phân công.
Bên cạnh đó, ông phụ trách các đơn vị: Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường; Cục Hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế; Vụ Giáo dục Quốc phòng và An ninh; Trung tâm Đào tạo khu vực của SEAMEO tại Việt Nam; Trung tâm khu vực về học tập suốt đời của SEAMEO tại Việt Nam; Viện Nghiên cứu cao cấp về Toán; Viện Khoa học Giáo dục Việt Nam; phụ trách các tỉnh Tây Nguyên và Đông Nam Bộ.
Thứ trưởng Nguyễn Văn Phúc trải qua nhiều cương vị công tác: Nghiên cứu viên phòng Nghiên cứu phát triển thuộc Viện Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh; Phó Trưởng phòng Nghiên cứu phát triển thuộc Viện Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh; Phó Trưởng khoa Kinh tế thuộc Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh; Trưởng khoa Kinh tế thuộc Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh; Phó Hiệu trưởng Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh; Bí thư Đảng ủy, Hiệu trưởng Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh.Ngày 22/9/2017, ông được Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm giữ chức Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Theo Quyết định 1062/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính, thời hạn bổ nhiệm lại Thứ trưởng Nguyễn Văn Phúc tính từ ngày 22/9/2022.
