Theo kết luận thanh tra của UBND quận Hải Châu, bà Lê Thị Hoàng Anh – Hiệu trưởng Trường TH Lý Công Uẩn có nhiều sai phạm trong quá trình quản lý, điều hành tại Trường Tiểu học Lý Công Uẩn. Cụ thể, năm học 2014-2015, 2015-2016 và 2016-2017, trên cương vị Phó Hiệu trưởng, sau đó là Hiệu trưởng, bà Lê Thị Hoàng Anh không tham gia giảng dạy nhưng vẫn có tên trong danh sách trực tiếp đứng lớp, nhận phụ cấp ưu đãi không đúng với quy định của ngành, nên bị buộc phải nộp vào ngân sách Nhà nước số tiền 44.671.550 đồng.
Theo đó, việc mua sắm đồ dùng bán trú cho học sinh cũng có những sai phạm , cụ thể, tháng 1-2017 Trường TH Lý Công Uẩn thu của học sinh khối lớp 3, 4, 5, với số tiền 500.000 đồng/học sinh. Đến tháng 9-2017, cũng với số học sinh này nhà trường thu 250.000 đồng/học sinh.
Mặc dù khoản thu này được công khai, nhưng chỉ thực hiện việc công khai tài chính đến đại diện phụ huynh từng khối, không thực hiện việc công khai mua sắm cho phụ huynh từng lớp biết để thực hiện việc giám sát. Ngoài ra, việc thanh lý đồ dùng bán trú không còn giá trị sử dụng không được thông qua hội đồng thanh lý tài sản và không thực hiện việc kiểm kê tài sản còn giá trị sử dụng...
Việc không thông báo công khai tài sản cho cán bộ, công chức, người lao động biết hoạt động của đơn vị đã vi phạm vào những quy định về thực hiện dân chủ trong hoạt động của cơ quan hành chính nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập.
Bên cạnh đó, đoàn kiểm tra còn phát hiện hơn 60 triệu đồng trong tài khoản của nhà trường là tiền ăn bán trú của học sinh chưa được sử dụng hết nhưng Ban giám hiệu không thực hiện việc thoái trả lại cho phụ huynh học sinh.