Mặc dù thực tế là các hệ thống tên lửa pháo phòng không Pantsir-S đã cho thấy hiệu quả trong việc đẩy lùi các cuộc không kích và chống lại các tên lửa hành trình, tuy nhiên Syria đã tiết lộ một số lỗ hổng trong các tổ hợp này.
Một trong những thiếu sót nghiêm trọng nhất của tổ hợp tên lửa phòng không Pantsir là nhu cầu bảo trì liên tục, nếu không được bảo trì thường xuyên hệ thống sẽ hoạt động không bình thường.
Quân đội Syria cho biết, các hệ thống của Liên Xô hiện đang phục vụ trong quân đội hoàn toàn không tồn tại những hạn chế như vậy.
Thêm vào đó, quân đội Syria lưu ý, một trong những nhược điểm nữa của tổ hợp “Pantsir-S” là phạm vi phát hiện và phá hủy các mục tiêu trên không tương đối nhỏ. Do vậy khu vực mà chúng có thể bảo vệ là khá hạn chế.
Tuy nhiên, nếu triển khai một số tổ hợp trên cùng một khu vực, nó có thể cung cấp sự bảo vệ gần như 100% trước các cuộc không kích của kẻ thù. Bằng chứng là những nỗ lực tấn công căn cứ không quân Nga "Khmeimim" gần đây của nhóm khủng bố “Hayat Tahrir ash-Sham” đã hoàn toàn thất bại do sự bảo vệ mạnh mẽ của các hệ thống phòng thủ này.