Tổng cục QLTT được tổ chức thành hệ thống ngành dọc từ Trung ương đến địa phương, bảo đảm sự chỉ đạo, lãnh đạo, điều hành của Bộ trưởng Bộ Công Thương theo nguyên tắc tập trung thống nhất. Cơ cấu, tổ chức của Tổng cục QLTT được kế thừa và phát triển từ tổ chức QLTT hiện có, bảo đảm thực hiện thống nhất trong quan hệ chỉ đạo, điều hành xuyên suốt; giữ ổn định, không phát sinh tăng đầu mối, biên chế, thực hiện hiệu quả nhiệm vụ kiểm tra, kiểm soát, đấu tranh chống các vi phạm về kinh doanh hàng hóa nhập lậu, hàng giả, hàng cấm, hàng kém chất lượng, chống gian lận thương mại và bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng.
Bộ máy Tổng cục ở Trung ương được tổ chức tinh gọn trên cơ sở nâng cấp, kiện toàn từ Cục QLTT thuộc Bộ Công Thương, gồm 6 đơn vị: Văn phòng Tổng cục, Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Tổng hợp - Kế hoạch - Tài chính, Vụ Chính sách - Pháp chế, Vụ Thanh tra - Kiểm tra và Cục Nghiệp vụ quản lý thị trường. Tổng cục QLTT là tổng cục ngành dọc duy nhất hiện nay không tổ chức thành lập đơn vị sự nghiệp công lập.
Tại địa phương, thành lập Cục QLTT cấp tỉnh trực thuộc Tổng cục, có Đội QLTT cấp huyện trực thuộc Cục QLTT cấp tỉnh thay cho mô hình Chi cục trực thuộc Sở Công Thương hiện nay. Thực hiện chỉ đạo của Chính phủ tại Quyết định 34, Bộ Công Thương đã phối hợp với UBND tỉnh, thành phố khẩn trương thực hiện kế hoạch chuyển giao nguyên trạng cơ quan QLTT ở địa phương; Chi cục được tổ chức thành Cục cấp tỉnh (63 Cục) và giữ nguyên mô hình Đội QLTT cấp huyện để bảo đảm ổn định hoạt động của cơ quan QLTT địa phương trong giai đoạn đầu thành lập tổng cục. Việc chuyển giao sẽ thực hiện xong trước ngày 12/10/2018.
Bước sang năm 2019, Bộ Công Thương xây dựng Đề án thành lập 19 Cục QLTT liên tỉnh báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định trước tháng 12 năm 2019. 681 Đội QLTT cấp huyện thuộc Cục cấp tỉnh cũng sẽ được sắp xếp, tổ chức lại theo hướng sáp nhập thành các đội liên huyện, bảo đảm mục tiêu giảm 305 Đội (giảm 45%) đến năm 2020.
