Theo đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan của Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các ngành, lĩnh vực: Nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp, thuỷ sản, thuỷ lợi, phòng, chống thiên tai, phát triển nông thôn; quản lý nhà nước đối với các dịch vụ công trong các ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của bộ theo quy định của pháp luật.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Nghị định số 123/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ quy định chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ.
Ngoài ra, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện những nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể, trong đó về thủy sản, chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra thực hiện quy hoạch vùng nuôi trồng thuỷ sản tập trung; quan trắc cảnh báo môi trường trong nuôi trồng thủy sản; quy trình, kỹ thuật, mùa vụ nuôi trồng thủy sản; kiểm dịch, phòng, chống dịch bệnh thủy sản; chỉ đạo thực hiện các nhiệm vụ quản lý nhà nước về giống, thức ăn nuôi trồng thủy sản; hoá chất, chế phẩm sinh học, vi sinh vật dùng để xử lý cải tạo môi trường trong nuôi trồng thủy sản theo quy định của pháp luật;...
Về an toàn thực phẩm nông, lâm, thuỷ sản và muối, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chỉ đạo, tổ chức thực hiện, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các quy định của pháp luật về an toàn thực phẩm đối với sản xuất ban đầu nông, lâm, thủy sản, muối thuộc phạm vi quản lý nhà nước của bộ.
Bên cạnh đó, chỉ đạo, tổ chức thực hiện, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các quy định của pháp luật về an toàn thực phẩm trong suốt quá trình sản xuất, thu gom, giết mổ, sơ chế, chế biến, bảo quản, vận chuyển, xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh đối với ngũ cốc; thịt và các sản phẩm từ thịt; thủy sản và sản phẩm thủy sản; rau, củ, quả và sản phẩm rau, củ, quả; trứng và các sản phẩm từ trứng; sữa tươi nguyên liệu; mật ong và các sản phẩm từ mật ong; thực phẩm biến đổi gen; muối; gia vị; đường; chè; cà phê; cacao; hạt tiêu; điều và các nông sản thực phẩm; dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm thuộc phạm vi quản lý của bộ; quản lý an toàn thực phẩm đối với chợ đầu mối, đấu giá nông sản.
Đồng thời, chủ trì quản lý an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Công Thương; tổ chức giám sát, đánh giá nguy cơ, cảnh báo, phòng ngừa, ngăn chặn và khắc phục sự cố an toàn thực phẩm đối với sản phẩm thực phẩm thuộc phạm vi quản lý của bộ; kiểm tra, giám sát việc thực hiện truy xuất nguồn gốc, thu hồi và xử lý đối với thực phẩm không bảo đảm an toàn thuộc phạm vi quản lý của bộ;
Về thương mại nông sản, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phối hợp với Bộ Công Thương xây dựng cơ chế, chính sách phát triển thương mại, thị trường nông sản; kế hoạch, chương trình xúc tiến thương mại; chương trình thương hiệu quốc gia về nông, lâm, thủy sản và muối; chỉ đạo, hướng dẫn và tổ chức thực hiện các hoạt động phân tích, dự báo thị trường, xúc tiến thương mại và các hoạt động liên quan đến chương trình thương hiệu quốc gia về nông, lâm, thủy sản và muối thuộc phạm vi quản lý của bộ.
Phối hợp với Bộ Công Thương tổ chức thực hiện các biện pháp phòng vệ thương mại và các biện pháp tự vệ đối với hàng nông sản xuất khẩu của Việt Nam ra nước ngoài, hàng nông sản nhập khẩu của nước ngoài vào Việt Nam....
Cơ cấu tổ chức
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có 27 đơn vị gồm: 1- Vụ Kế hoạch; 2- Vụ Tài chính; 3- Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường; 4- Vụ Hợp tác quốc tế; 5- Vụ Pháp chế; 6- Vụ Tổ chức cán bộ; 7- Vụ Quản lý doanh nghiệp; 8- Văn phòng Bộ; 9- Thanh tra Bộ; 10- Cục Trồng trọt; 11- Cục Bảo vệ thực vật; 12- Cục Chăn nuôi; 13- Cục Thú y; 14- Cục Quản lý xây dựng công trình; 15- Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn; 16- Cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản; 17- Cục Chế biến và Phát triển thị trường Nông sản; 18- Tổng cục Lâm nghiệp; 19- Tổng cục Thuỷ sản; 20- Tổng cục Thuỷ lợi; 21- Tổng cục Phòng, chống thiên tai; 22- Viện Chính sách và Chiến lược phát triển nông nghiệp nông thôn; 23- Trường Cán bộ Quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn I; 24- Trường Cán bộ Quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn II; 25- Trung tâm Tin học và Thống kê; 26- Báo Nông nghiệp Việt Nam; 27- Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Các đơn vị từ (1) đến (21) nêu trên là các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các đơn vị từ (22) đến (27) là các tổ chức sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của bộ.
Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trình Thủ tướng Chính phủ: Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy lợi, Tổng cục Lâm nghiệp, Tổng cục Thủy sản, Tổng cục Phòng, chống thiên tai; ban hành danh sách các tổ chức sự nghiệp công lập khác thuộc bộ.
