Hiện nay số phận của di chỉ khảo cổ học Vườn Chuối đang trong tình trạng kêu cứu bởi di chỉ này đang phụ thuộc nhiều vào việc triển khai xây dựng của chủ đầu tư Khu đô thị mới Kim Chung – Di Trạch và việc điều chỉnh quy hoạch chi tiết sắp được trình thành phố Hà Nội phê duyệt.
Theo PGS.TS Nguyễn Văn Huy, Phó Giám đốc Trung tâm Bảo tồn và Phát huy giá trị di sản, dù đã trải qua 8 lần khai quật nhưng tới nay di chỉ khảo cổ học Vườn Chuối vẫn chưa được đưa vào danh mục kiểm kê di tích của Ban Quản lý Di tích và Danh thắng Hà Nội.
Do không được kiểm kê nên di tích không được đánh giá để xếp hạng di tích nên toàn bộ 19.000 m2 của di chỉ khảo cổ Vườn Chuối đã bị quy hoạch vào dự án Thăng Long 9. Nếu các cơ quan có thẩm quyền không có kế hoạch bảo vệ di chỉ khảo cổ học đặc biệt này với Hà Nội thì chắc chắn di chỉ Vườn Chuối và các di chỉ khảo cổ lân cận sẽ bị xóa sổ trong tương lai gần.
Theo PGS.TS Nguyễn Văn Huy, việc làm cấp thiết hiện nay là Hà Nội cần tiến hành lập hồ sơ đề nghị công nhận di chỉ Vườn Chuối là di sản để có sự bảo vệ của pháp luật. Bên cạnh đó, Hà Nội cần sớm xây dựng kế hoạch để tiếp tục khai quật, đưa ra phương án bảo tồn một phần hoặc điều chỉnh quy hoạch để biến di chỉ thành một phần công viên cây xanh, giữ nguyên di chỉ trong lòng đất để thế hệ sau có điều kiện, phương tiện kỹ thuật tốt tiếp tục công tác nghiên cứu.
Để bảo tồn giá trị di tích Vườn Chuối, PGS.TS Bùi Văn Liêm, Phó Viện trưởng Viện Khảo cổ học cho rằng, việc bảo tồn phải bắt đầu từ khảo sát, thăm dò, khai quật sau đó đề xuất bảo tồn vùng lõi, vùng phụ cận, vùng đệm cho phù hợp đảm bảo công tác bảo tồn không ngăn cản quá trình phát triển kinh tế.
Vườn Chuối giữ được như hiện nay là có sự chung tay của cộng đồng dân cư địa phương, những người vượt trên sự an nguy của bản thân để bảo vệ di tích. Bên cạnh đó có vai trò rất quan trọng của cộng đồng xã hội.
Về việc xây dựng hồ sơ xếp hạng di tích Vườn Chuối, ông Trương Minh Tiến cho rằng, sau khi có quy hoạch chi tiết, chủ đầu tư bàn giao mặt bằng, Sở VH-TT Hà Nội sẽ đề nghị UBND TP Hà Nội giao chủ đầu tư phối hợp với UBND huyện Hoài Đức thực hiện xây dựng hồ sơ xếp hạng. Trước mắt, thời gian tới, Sở sẽ trình thành phố cho phép Sở tiến hành khảo sát, đánh giá tiềm năng giá trị khảo cổ học của toàn bộ di chỉ này.