Quyền tự chủ của cơ sở giáo dục nghề nghiệp và giáo dục đại học đã có các quy định cụ thể trong Luật Giáo dục đại học (đã sửa đổi, bổ sung) và Luật Giáo dục nghề nghiệp cho nên không cần thiết phải quy định trong Luật Giáo dục (sửa đổi).
Đối với cơ sở giáo dục mầm non và giáo dục phổ thông, do đặc thù về mục tiêu giáo dục, chương trình giáo dục và sách giáo khoa; trách nhiệm đầu tư của nhà nước nên quy định theo hướng tăng quyền dân chủ cơ sở qua thiết chế hội đồng trường và quy định cụ thể nhiệm vụ của nhà trường.
Ngoài ra, có một số ý kiến đề nghị giáo dục mầm non và giáo dục phổ thông công lập giữ vai trò nòng cốt trong giáo dục phổ thông. Đây là các trường thuộc sở hữu nhà nước, được thống nhất về chương trình phương pháp giáo dục, được bảo đảm các điều kiện cần thiết để hoạt động. Nhà trường cần bảo đảm nề nếp trong thực hiện nhiệm vụ theo quan hệ dọc (từ Bộ Giáo dục và Đào tạo xuống các địa phương).
Vì vậy, một tổ chức trung gian trên ban giám hiệu như Hội đồng trường là không cần thiết. Do đó không nên có Hội đồng trường tại các trường mầm non, phổ thông công lập mà nên tăng quyền chủ động và bắt buộc Ban giám hiệu nâng cao trách nhiệm giải trình.
Chính phủ nhất trí với ý kiến đa số của Nhân dân nêu trên đây, bổ sung quy định về hội đồng trường cơ sở giáo dục mầm non, giáo dục phổ thông có thành phần gồm: đại diện tổ chức Đảng Cộng sản Việt Nam, lãnh đạo nhà trường, đại diện Công đoàn, đại diện ban chấp hành Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh là học sinh của trường (nếu có), đại diện các tổ chuyên môn, đại diện tổ Văn phòng, đại diện chính quyền địa phương, ban đại diện cha mẹ học sinh.
Bổ sung quy định nhiệm vụ và quyền hạn của nhà trường: cơ sở giáo dục mầm non, giáo dục phổ thông thực hiện quy chế dân chủ trong nhà trường; có trách nhiệm giải trình với xã hội, người học, cơ quan quản lý; bảo đảm việc tham gia của người học, gia đình người học và xã hội trong quản lý nhà trường. Giao cho Chính phủ quy định cụ thể về quản lý trong cơ sở giáo dục mầm non và giáo dục phổ thông công lập.
