Cụ thể, có 4 loại lỗi do thí sinh tạo nên trong quá trình làm bài:
Thứ nhất, không tô số báo danh, tô nhầm số báo danh dẫn đến số báo danh trùng nhau, tô số báo danh không tồn tại hoặc tô không đúng quy cách dẫn đến không thể nhận biết được.
Trường hợp xấu nhất là một thí sinh có dự thi tô nhầm thành số báo danh của thí sinh vắng thi.
Thứ hai, không tô mã đề thi, tô mã đề thi không có, hoặc tô sai quy cách khiến không thể nhận biết được thí sinh đã dùng mã đề thi nào.
Thứ ba, phần trả lời bị tô quá mờ hay bị tẩy xóa đến mức không hiểu được thí sinh chọn phương án nào, hoặc tô vào vùng câu hỏi không tồn tại.
Thứ tư, có những lỗi do quét bài như để gấp phiếu, sai mặt phiếu, làm phiếu bị biến dạng.
Trong hướng dẫn quy trình chấm bài thi trắc nghiệm, Bộ GD&ĐT yêu cầu cán bộ chấm thi phải sửa hết các lỗi trên để có thể chấm bài thi tự động. Kết quả sửa phải được lưu lại cùng với biên bản sửa lỗi để báo cáo Bộ GD&ĐT.
Các bài thi vi phạm quy chế thi được xử lý theo quy định của quy chế thi: bài thi tổ hợp chỉ trừ điểm của môn thành phần mà thí sinh vi phạm kỷ luật (mức độ khiển trách trừ 25% điểm, mức độ cảnh cáo trừ 50% điểm), không trừ điểm môn thành phần mà thí sinh không vi phạm kỷ luật.
