Riêng bài thi tổ hợp cần lưu ý chỉ trừ điểm của môn thành phần nào mà thí sinh vi phạm kỷ luật (mức độ khiển trách trừ 25% điểm, mức độ cảnh cáo trừ 50% điểm), không trừ điểm môn thành phần mà thí sinh không vi phạm kỷ luật.
Để việc trừ điểm đảm bảo khách quan và đúng tỷ lệ quy định, yêu cầu Hội đồng thi phải xác định, cập nhật chính xác hình thức xử lý vi phạm vào Hệ thống quản lý thi trước khi xuất dữ liệu để hỗ trợ công tác chấm thi (tự luận, trắc nghiệm). Phần mềm Hỗ trợ chấm thi sẽ tự động trừ điểm thi đối với thí sinh vi phạm kỷ luật theo quy định.
Chủ tịch Hội đồng thi đối chiếu với biên bản xử lý kỷ luật, ký xác nhận danh sách thí sinh bị trừ điểm do vi phạm kỷ luật (kể cả trường hợp thí sinh bị đình chỉ thi).