Nhận thấy bản án sơ thẩm chưa thỏa đáng, chưa phù hợp với bản chất thật của vụ việc, ngày 4/1/2019, Bộ GD&ĐT đã nộp đơn kháng cáo toàn bộ Bản án hành chính sơ thẩm tại Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội và đã nộp tạm ứng án phí phúc thẩm.
Ngày 4/4/2019, Bộ GD&ĐT nhận được Quyết định không chấp nhận việc kháng cáo quá hạn của Tòa án nhân dân cấp cao tại Hà Nội. Bộ GD&ĐT rất lấy làm tiếc về quyết định này của Tòa án Nhân dân Cấp cao tại Hà Nội.
Một lần nữa, Bộ GD&ĐT khẳng định: Việc Bộ trưởng Bộ GD&ĐT đã ban hành Quyết định số 4674/QĐ-BGDĐT ngày 11/10/2013 thu hồi bằng tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế là hoàn toàn đúng pháp luật. Hành vi sao chép luận án tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế đã rõ ràng và có minh chứng đầy đủ.
Cụ thể, mức độ sao chép (hoàn toàn giống nhau về nội dung) giữa cuốn luận án tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế với cuốn luận án tiến sĩ của ông Mai Thanh Quế là 52,5 trang/159 trang; cụ thể: Chương I sao chép 17 trang/ 54 trang; chương II sao chép 6,5 trang/ 61 trang; chương III sao chép 29 trang/ 44 trang.
Bộ GD&ĐT sẽ có đơn đề nghị xem xét bản án theo thủ tục giám đốc thẩm để các quy định của pháp luật được thực thi, bảo vệ kỷ cương trong giáo dục, bảo vệ chủ trương của Đảng và Nhà nước về nâng cao chất lượng GD và đạo đức Nhà giáo.
