Theo Chủ tọa phiên tòa, có căn cứ cho rằng còn những đồng phạm khác, người khác mà Bộ luật hình sự quy định liên quan đến vụ án nhưng chưa được khởi tố vụ án, khởi tố bị can. Vì vậy, HĐXX quyết định trả hồ sơ vụ án hình sự sơ thẩm số 55 ngày 3/7/2019, đối với bị cáo Trần Xuân Yến và đồng phạm bị truy tố về tội lợi dụng chức vụ quyền hạn trong thi hành công vụ theo điều 36 Bộ Luật hình sự 2015 cho Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Sơn La để điều tra bổ sung.
Quá trình điều tra bổ sung sẽ phải làm rõ 4 vấn đề liên quan như:
Thứ nhất, làm rõ động cơ, mục đích của các bị cáo khi thực hiện việc mua điểm cho 44 thí sinh từ đó xem xét khởi tố vụ án về tội nhận hối lộ, môi giới hối lộ, đưa hối lộ.
Thứ hai, làm rõ nguồn gốc số tiền, hành vi thỏa thuận đưa, nhận tiền của các bị cáo: Nguyễn Thị Hồng Nga và Trần Văn Điện đối với số tiền 1,040 tỷ đồng mà bị cáo Nga đã khai nhận trong quá trình điều tra; hành vi đưa, nhận tiền giữa bị cáo Lò Văn Huynh và Lò Thị Trường đối với khoản tiền 300 triệu đồng mà bị cáo Lò Văn Huynh và Lò Thị Trường đã khai nhận trong quá trình điều tra tại phiên tòa và nhận đã trả lại;
Làm rõ nguồn gốc khoản tiền và hành vi đưa nhận tiền giữa bị cáo Lò Văn Huynh và Nguyễn Minh Khoa đối với số tiền 2,1 tỷ đồng mà bị cáo Huynh đã khai nhận trong quá trình điều tra tại phiên tòa, trong đó 1 tỷ đồng là số tiền đã nhận, 1,1 tỷ đồng là số tiền đã thỏa thuận nhưng chưa giao nhận;
Làm rõ nguồn gốc số tiền và hành vi đưa nhận tiền giữa bị cáo Đặng Hữu Thủy và Nguyễn Thị Xuyên đối với số tiền 200 triệu đồng mà bị cáo Thủy đã khai nhận tại phiên tòa; Làm rõ nguồn gốc khoản tiền và hành vi đưa, nhận tiền giữa Đặng Hữu Thủy với Nguyên Thị Kim với số tiền 150 triệu đồng mà bị cáo Thủy đã khai nhận: Đã nhận và trả lại;
Làm rõ nguồn gốc khoản tiền và hành vi thỏa thuận lợi ích vật chất là tiền giữa bị cáo Thủy và Bùi Thị Xuân với số tiền hơn 200 triệu đồng mà Thủy đã khai nhận trong quá trình điều tra tại phiên tòa nhưng chưa giao nhận tiền. Tòa yêu cầu làm rõ nguồn gốc số tiền, hành vi thỏa thuận đưa nhận tiền giữa Thủy và Nguyễn Thị Mai Hà đối với số tiền 150 triệu đồng mà bị cáo Thủy đã khai nhận trong quá trình điều tra, tại phiên tòa khai đã nhận và đã trả lại.
Bên cạnh đó, làm rõ nguồn gốc khoản tiền và hành vi thỏa thuận đưa nhận tiền giữa bị cáo Cầm Thị Bun Sọn và Quàng Thị Thành với số tiền 440 triệu mà Sọn đã khai nhận. Qua đó, xác định đủ hay chưa đủ yếu tố cấu thành tội nhận hối lộ theo điều 350 Bộ Luật hình sự, đối với Nguyễn Thị Hồng Nga, Lò Văn Huynh, Đặng Hữu Thủy, Cầm Thị Bun Sọn, và tội đưa hối lộ đối với các đối tượng: Trần Văn Điện, Nguyễn Minh Khoa, Lò Thị Trường Nguyễn Thị Xuyên, Nguyễn Thị Kim, Bùi Thị Xuân, Nguyễn Thị Mai Hà, Quàng Thị Thành theo điều 364 Bộ Luật HS hay không.
Thứ ba, Tòa yêu cầu tiến hành trưng cầu ý kiến của cơ quan có thẩm quyền giải thích về quy trình xử lý bài thi trắc nghiệm theo quy định của Bộ GD&ĐT. Từ đó để làm rõ trách nhiệm của các đối tượng có liên quan.
Thứ tư, làm rõ trách nhiệm ông Đinh Văn An, Nguyễn Tuấn Anh, Đỗ Khắc Hưng, Trần Xuân Yến trong việc niêm phong, mở niêm phong bài thi trắc nghiệm.
