Trong phần thẩm vấn các bị cáo, Trần Xuân Yến, cựu Phó giám đốc Sở GD&ĐT Sơn La khai không nhờ nâng điểm cho 13 thí sinh như cáo trạng quy kết. Bị cáo khăng khăng, bản thân chỉ “nhờ xem trước điểm”, không nhận bất cứ lợi ích vật chất nào và không đồng thuận, không cho phép các bị cáo khác sửa bài thi. Yến cũng phủ nhận việc chỉ đạo bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga xóa dữ liệu trên máy tính.
Tuy nhiên, hai bị cáo: Cầm Thị Bun Sọn, cựu Phó trưởng Phòng chính trị - tư tưởng Sở GD&ĐT và cựu cán bộ Công an tỉnh Sơn La Đỗ Khắc Hưng về tình tiết lập biên bản hợp thức vào ngày 4/7/2018. Hai bị cáo này cũng thừa nhận nội dung biên bản không đúng sự thật. Đỗ Khắc Hưng khẳng định Trần Xuân Yến đã gọi tất cả những người liên quan đến lập lại biên bản để hợp thức hóa.
Về phía Trần Xuân Yến, bị cáo đã bác bỏ lời khai trên và nhiều nội dung các bị cáo khác khai trước tòa. Bị cáo Yến cũng không nhất trí với cáo buộc của cơ quan tố tụng về trách nhiệm, hành vi đã nêu trong cáo trạng.
Bị cáo Yến nói trước đó đã phân công công việc cho từng thành viên theo quy chế của Bộ GD&ĐT, việc giám sát do thanh tra và lực lượng an ninh đảm nhiệm. Vì thế bị cáo khăng khăng là mình không có trách nhiệm giám sát các thành viên cũng như chịu trách nhiệm về kết quả chấm thi.
Liên quan đến việc niêm phong bài thi, bị cáo Yến giải thích sau khi quét, phiếu trả lời được niêm phong theo lô để bảo quản, có công an giám sát và cho rằng việc không lập biên bản ngay sau khi mở túi bài thi mà phải tới 4/7/2018 mới lập là “thiếu sót” của tổ chấm thi. Có thể các bị cáo khác không nhớ quy định này hoặc thông đồng với nhau từ trước (?).
Về việc tiêu hủy chứng cứ, khi nghe tin có đoàn công tác của Bộ GD&ĐT lên Sơn La kiểm tra, bị cáo Yến đã gọi Nga đến nhà yêu cầu rà soát quy trình chấm thi và in dữ liệu ra đĩa để bảo quản phòng khi máy móc bị hỏng hoặc virus làm mất dữ liệu.
Việc bị cáo đốt đĩa là do nếu để tài liệu thất lạc ra ngoài là không tốt. Bị cáo Trần Xuân Yến khai và khẳng định không được hưởng lợi vật chất từ việc nhờ xem điểm thi.
