Qua thanh tra, kiểm tra của Bộ GD&ĐT đã phát hiện một số thiếu sót, vi phạm trong hoạt động tự chủ của một số đại học, học viện, trường đại học.
Một số vi phạm, sai sót cụ thể được chỉ ra như: Chưa thành lập hoặc kiện toàn Hội đồng trường; chưa xây dựng, phê duyệt đề án vị trí việc làm; chưa kịp thời kiện toàn ban giám hiệu, các chức danh thuộc thẩm quyền của Hội đồng trường: chưa xây dựng, ban hành văn bản, quy chế theo thẩm quyền hoặc ban hành văn bản, quy chế chưa đầy đủ và đúng quy định pháp luật, đặc biệt là quy chế tổ chức hoạt động, quy chế tài chính; vi phạm quy định trong tuyển dụng, bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, viên chức.
Xác định chỉ tiêu tuyển sinh, tổ chức tuyển sinh các trình độ chưa đúng; mở ngành, duy trì ngành chưa đảm bảo các điều kiện; tổ chức quản lý đào tạo các trình độ, các phương thức đào tạo thiếu chặt chẽ, không đảm bảo khối lượng giảng dạy; chưa kịp thời rà soát, thẩm định và ban hành chương trình đào tạo các trình độ;
Không đảm đảm bảo khối lượng kiến thức tối thiểu ở mỗi trình độ đào tạo; hồ sơ quản lý văn băng, chứng chỉ chưa đúng, chưa cập nhật đầy đủ thông tin, chưa công khai thông tin văn bằng, chứng chỉ và ký chứng chỉ sai thẩm quyền.
Vi phạm quy định về công tác quản lý tài chính, tài sản; mua sắm trang thiết bị, cơ sở vật chất phục vụ đào tạo; thực hiện một số khoản thu, chi, trích lập các quỹ chưa đúng quy định; kết quả giải ngân chưa đúng tiến độ kế hoạch.
Vi phạm về công tác đầu tư xây dựng cơ bản: Thiết kế, thẩm tra, phê duyệt hồ sơ thiết kế dự toán công trình, lập hồ sơ mời thầu và phê duyệt kết quả đầu thầu các hạng mục công trình còn nhiều thiếu sót; quy trình thực hiện các gói thầu, tư vấn, giám sát chưa đúng theo quy định của Luật đấu thầu; chậm phê duyệt quyết toán hoàn thành đối với công trình; điều chỉnh tổng dự toán công trình, điều chỉnh giá trị gói thầu chưa đúng quy định; chưa tổ chức nghiệm thu công trình đã đưa vào sử dụng.
Vi phạm trong việc quyết toán kinh phí đề tài; trích kinh phí quản lý đề tài chưa đúng quy định; thiết bị khoa học công nghệ có giá trị lớn nhưng không đưa vào sử dụng, đề tài nghiên cứu chưa đúng tiến độ, chưa đạt mục tiêu.
Quy trình cuộc thanh tra chưa đảm bảo; một số cuộc thanh tra không có báo cáo, kết luận, không đôn đốc xử lý sau thanh tra. Trình tự giải quyết đơn thư chưa đúng, chưa kịp thời, triệt để; nơi tiếp công dân chưa đảm bảo các điều kiện theo quy định, thủ trưởng đơn vị chưa thực hiện chế độ tiếp công dân định kỳ, thường xuyên, không có số tiếp công đân theo quy định;
Chưa triển khai thực hiện chế độ, chính sách đối với cán bộ làm công tác tiếp công dân, xử lý đơn theo quy định; chưa thực hiện hoặc thực hiện chưa đúng quy định về kê khai tài sản, thu nhập, chuyền đổi vị trí công tác của cán bộ, viên chức...
Để công tác quản lý nhà nước về giáo dục đáp ứng yêu cầu đổi mới giáo dục và tự chủ giáo dục đại học, Bộ trưởng Bộ GD&ĐT yêu câu các cơ sở giáo dục đại học tiếp tục thực hiện nghiêm Chỉ thị số 1048/CT-BGDĐT ngày 28/4/2020 của Bộ trưởng Bộ GDĐT, Hướng dẫn số 4555/BGDDT-TTr ngày 08/10/2021 hướng dẫn thực hiện nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra năm học 2021-2022 đối với cơ sở giáo dục đại học, trường cao đẳng sư phạm;
Chú trọng những hạn chế, thiếu sót, sai phạm nêu trên, đặc biệt là các nội dung thực hiện tự chủ giáo dục đại học, cụ thể:
Ban hành, tổ chức thực hiện tiêu chuẩn, điều kiện đảm bảo chất lượng các trình độ đào tạo, phương thức đào tạo; tuyển sinh, đào tạo; hoạt động khoa học và công nghệ, hợp tác trong nước và quốc tế.
Ban hành, tổ chức thực hiện quy định nội bộ về cơ cấu tổ chức, cơ cấu lao động, danh mục, tiêu chuẩn, chế độ của từng vị trí việc làm; tuyển dụng, sử dụng và cho thôi việc đối với cán bộ, viên chức và người lao động: quyết định nhân sự quản trị, quản lý trong cơ sở giáo dục đại học.
Ban hành, tổ chức thực hiện quy định nội bộ về nguồn thu, quản lý và sử dụng nguồn tài chính, tài sản; mua sắm cơ sở vật chất, thu hút nguồn vốn đầu tư phát triển; chính sách học phí, học bổng cho sinh viên và chính sách khác.
Việc thực hiện trách nhiệm giải trình của cơ sở giáo dục đại học đối với chủ sở hữu, người học, xã hội, cơ quan quản lý có thẩm quyền và các bên liên quan.
Tăng cường công tác thanh tra nội bộ, giúp Hội đồng trường, Hiệu trưởng tổ chức thanh tra, kiểm tra thường xuyên, theo kế hoạch và đột xuất khi có vấn đề phức tạp hoặc theo yêu cầu xử lý đơn thư. Báo cáo kết quả thực hiện về Bộ G&ĐT (qua Thanh tra Bộ GD&ĐT)