Qua kiểm tra, các trường đều có ý thức chấp hành vệ sinh an toàn thực phẩm tốt. Đặc biệt, đối với nước uống của học sinh, năm nay chỉ có 1 mẫu không đạt qua xét nghiệm và chỉ nhiễm vi sinh vật (Coliforms), ít hơn hẳn năm trước khi có tới 14 mẫu nhiễm cả Coliforms và Coliforms chịu nhiệt.
Tuy nhiên, khó khăn của các trường là cơ sở vật chất. Có đến 15/23 trường bếp ăn đã xuống cấp, chật hẹp, tạm bợ, chưa đảm bảo nguyên tắc 1 chiều và không liên hoàn khu vực sơ chế, chế biến, phân chia thức ăn. Ở một số trường, nhà vệ sinh chưa cách ly hẳn khu vực sơ chế.
Hầu hết các trường chưa bố trí phòng ăn riêng biệt, học sinh ăn trưa ngay tại lớp học hay ở các khu vực hành lang lớp học.
Theo báo cáo của các trường, những khó khăn này đã có từ lâu do hàng năm phòng GD&ĐT các huyện, thị, thành phố không phân bổ kinh phí để cải tạo các bếp ăn bán trú. Việc duy trì bếp ăn hiện nay chủ yếu là do nhà trường huy động xã hội hóa và tự cân đối nguồn kinh phí chi thường xuyên của trường là chính.
