Theo đó, thí sinh đoạt giải nhất, nhì, ba môn Sinh học trong kỳ thi chọn học sinh giỏi quốc gia lớp 12 THPT được tuyển thẳng vào học ngành Bác sĩ đa khoa hệ Quân sự và Bác sĩ đa khoa hệ Dân sự tại Học viện Quân y.
Thí sinh đoạt giải nhất, nhì, ba môn Hóa học trong kỳ thi chọn học sinh giỏi quốc gia lớp 12 THPT được tuyển thẳng vào học ngành Dược sĩ đại học hệ Dân sự tại Học viện Quân y.
Thí sinh trong đội tuyển Olympic đã tốt nghiệp THPT được tuyển thẳng vào đại học. Nếu chưa tốt nghiệp THPT sẽ được bảo lưu sau khi tốt nghiệp trung học phổ thông.
Đối với thí sinh đoạt giải trong Hội thi khoa học kĩ thuật do Bộ GD&ĐT tổ chức: Căn cứ vào kết quả dự án, đề tài nghiên cứu khoa học kĩ thuật của thí sinh đoạt giải, Giám đốc Học viện xem xét quyết định tuyển thẳng vào ngành học phù hợp với kết quả dự án hoặc đề tài mà thí sinh đoạt giải.
Thí sinh đoạt giải trong kỳ thi chọn học sinh giỏi quốc gia, đoạt giải trong Hội thi khoa học kỹ thuật do Bộ GD&ĐT tổ chức, nếu chưa tốt nghiệp trung học phổ thông được bảo lưu sau khi tốt nghiệp THPT.
Trường lưu ý, thí sinh đăng ký tuyển thẳng vào hệ Quân đội phải làm hồ sơ đăng ký dự thi hợp lệ tại các Ban chỉ huy Quân sự địa phương thì mới xem xét tuyển thẳng. Ngoài ra thí sinh còn phải làm Hồ sơ tuyển thẳng theo quy định của Bộ GD&ĐT.
Đối với thí sinh đăng ký tuyển thẳng vào Hệ Dân sự chỉ cần nộp Hồ sơ đăng ký tuyển thẳng theo quy định của Bộ GD&ĐT.
Về ưu tiên xét tuyển, thí sinh đoạt giải nhất, nhì, ba môn Toán, Lý, Hóa trong kỳ thi chọn học sinh giỏi quốc gia THPT được ưu tiên xét tuyển vào học ngành Bác sĩ đa khoa Hệ quân đội và Dân sự tại Học viện Quân y.
Thí sinh đoạt giải nhất, nhì, ba môn Toán, Lý, Sinh trong kỳ thi chọn học sinh giỏi quốc gia trung học phổ thông được ưu tiên xét tuyển vào học ngành Dược sĩ đại học Hệ Dân sự.
Thí sinh đăng ký ưu tiên xét tuyển như trên đã tốt nghiệp trung học, phải đăng ký dự thi theo đúng hệ đăng ký ưu tiên xét tuyển (Quân đội hay Dân sự) tại Học viện Quân y phải dự thi tuyển sinh đại học tại trường đủ số môn quy định theo đề thi chung, có kết quả thi từ điểm sàn (năm 2014 có thể thay cách tính điểm sàn bằng tiêu chuẩn khác do Bộ GD&ĐT quy định sau) trở lên và không có môn nào bị điểm 0, Giám đốc Học viện xem xét quyết định cho ưu tiên xét tuyển.
Về chỉ tiêu, với Hệ Quân sự, dự kiến chỉ tiêu tuyển thẳng và ưu tiên xét tuyển vào Hệ Quân sự Ngành Bác sĩ Quân y đối với thí sinh nam tối đa không quá 20% so với tổng chỉ tiêu tuyển sinh đối với nam và tuyển tối đa không quá 30% nữ so với tổng chỉ tiêu tuyển sinh đối với nữ.
Hệ Dân sự: Không hạn chế số lượng thí sinh tuyển thẳng và ưu tiên xét tuyển.