Trong thời gian tại Nhật Bản, Phó Thủ tướng Phạm Bình Minh đã hội kiến với Thủ tướng Shinzo Abe, Chủ tịch Hạ viện Oshima Tadamori và tiếp Chủ tịch Cơ quan hợp tác quốc tế Nhật Bản Shinichi Kitaoka.
Tại các cuộc gặp, Phó Thủ tướng Phạm Bình Minh bày tỏ vui mừng trước sự phát triển mạnh mẽ và thực chất của quan hệ đối tác chiến lược Việt Nam-Nhật Bản trên nhiều lĩnh vực với sự tin cậy cao về chính trị; nhấn mạnh các chuyến thăm Việt Nam của các Lãnh đạo cấp cao Nhật Bản và chuyến thăm có ý nghĩa lịch sử của Nhà vua và Hoàng hậu Nhật Bản đến Việt Nam trong nửa đầu năm nay đã tạo dấu mốc quan trọng và động lực cho quan hệ hữu nghị và hợp tác Việt Nam-Nhật Bản phát triển hơn nữa trên mọi lĩnh vực.
Thủ tướng Shinzo Abe, Chủ tịch Hạ Viện Oshima khẳng định, Nhật Bản coi Việt Nam là đối tác quan trọng ở khu vực; sẽ ưu tiên hỗ trợ Việt Nam phát triển kinh tế và mong muốn cùng Lãnh đạo Việt Nam tiếp tục thúc đẩy mạnh mẽ và toàn diện hơn nữa quan hệ Việt Nam-Nhật Bản trong thời gian tới; bày tỏ cảm ơn và đánh giá cao sự đón tiếp trọng thị, chu đáo và thân tình của Lãnh đạo và nhân dân Việt Nam đã dành cho Nhà Vua, Hoàng hậu Nhật Bản cũng như Thủ tướng Shinzo Abe và Chủ tịch Hạ viện Oshima trong các chuyến thăm Việt Nam vừa qua.
Chủ tịch Cơ quan Hợp tác Quốc tế Nhật Bản (JICA) Kitaoka bày tỏ khâm phục về sự phát triển kinh tế của Việt Nam trong thời gian qua, cho biết Việt Nam là đối tác hợp tác lớn nhất của JICA trên thế giới và sẽ nỗ lực hết sức đóng góp vào sự phát triển kinh tế của Việt Nam.
Tại buổi tiếp Phó Thủ tướng Phạm Bình Minh tại Phủ Thủ tướng, Thủ tướng Shinzo Abe đã cảm ơn việc Chủ tịch nước Trần Đại Quang có thư mời tham dự Hội nghị cấp cao APEC 2017 và cho biết Nhật Bản sẽ hỗ trợ toàn diện Việt Nam tổ chức thành công Hội nghị cấp cao APEC 2017 tại Đà Nẵng.
Tại hội đàm giữa hai Bộ trưởng Ngoại giao và phiên họp lần thứ 9 Ủy ban Hợp tác Việt Nam-Nhật Bản, trên tinh thần xây dựng và tin cậy, hai bên đã trao đổi các biện pháp nhằm thúc đẩy triển khai hiệu quả các thỏa thuận của Lãnh đạo cấp cao hai nước thời gian qua và chuẩn bị nội dung để đảm bảo thành công cho chuyến thăm chính thức Nhật Bản của Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc trong thời gian tới nhằm làm sâu sắc, hiệu quả và thực chất hơn nữa quan hệ Đối tác chiến lược sâu rộng Việt Nam-Nhật Bản.
Hai bên nhất trí duy trì thường xuyên các chuyến thăm và tiếp xúc giữa lãnh đạo cấp cao, đặc biệt trong dịp kỷ niệm 45 năm thiết lập quan hệ Việt Nam-Nhật Bản vào năm 2018; tiếp tục duy trì và tăng tính hiệu quả của các cơ chế hợp tác, đối thoại giữa hai nước, trong đó có cơ chế Ủy ban hợp tác Việt-Nhật; nhất trí tổ chức phiên họp lần 2 của Ủy ban hỗn hợp Việt Nam-Nhật Bản về hợp tác trong lĩnh vực công nghiệp, thương mại và năng lượng vào tháng 6/2017 và sớm tổ chức Đối thoại nông nghiệp cấp cao lần thứ IV trong nửa cuối năm 2017.
Về hợp tác kinh tế, hai bên đạt thỏa thuận chung về thúc đẩy kết nối kinh tế hai nước, phối hợp chặt chẽ triển khai các dự án lớn mà Lãnh đạo cấp cao hai nước đã thỏa thuận như đường bộ cao tốc Bắc-Nam, khu công nghệ cao Hòa Lạc; nhất trí phối hợp chặt chẽ triển khai hiệu quả giai đoạn 6 Sáng kiến chung Việt-Nhật cải thiện môi trường đầu tư tại Việt Nam; tăng cường hợp tác trong lĩnh vực công nghiệp, năng lượng. Bộ trưởng Ngoại giao Nhật Bản Fumio Kishida khẳng định, Nhật Bản sẽ tiếp tục hỗ trợ cho sự phát triển kinh tế của Việt Nam thông qua cung cấp ODA và tập trung thúc đẩy hợp tác xây dựng cơ sở hạ tầng chất lượng cao; hỗ trợ Việt Nam triển khai các kế hoạch hành động của 6 ngành công nghiệp được lựa chọn trong Chiến lược công nghiệp hóa của Việt Nam trong khuôn khổ hợp tác Việt-Nhật đến năm 2020, tầm nhìn 2030; khuyến khích các doanh nghiệp Nhật Bản đầu tư vào Việt Nam; hỗ trợ Việt Nam cải cách doanh nghiệp Nhà nước.
Hai bên nhất trí trao đổi về các biện pháp phát triển ngành công nghiệp hỗ trợ, ngành công nghiệp ô tô của Việt Nam thúc đẩy tăng kim ngạch thương mại, tạo điều kiện thuận lợi để hàng nông, thủy sản của Việt Nam vào thị trường Nhật Bản.
Nhân dịp này, Phó Thủ tướng Phạm Bình Minh đã bày tỏ cảm ơn sự hỗ trợ của Chính phủ và nhân dân Nhật Bản vào sự nghiệp phát triển kinh tế-xã hội của Việt Nam thông qua việc cung cấp nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức ODA trong 25 năm qua; khẳng định Chính phủ Việt Nam coi trọng và nỗ lực sử dụng hiệu quả nguồn vốn ODA của Nhật Bản.
Hai bên nhất trí tăng cường trong các lĩnh vực hợp tác khác như nông nghiệp, ứng phó với biến đổi khí hậu, đào tạo nguồn nhân lực, lao động. Hai bên đánh giá cao việc Bộ, ngành hai nước đang tích cực trao đổi để sớm ký kết Bản Ghi nhớ về Cơ chế tín chỉ chung về khí nhà kính (JCM) và Bản Ghi nhớ hợp tác về chế độ thực tập sinh kỹ năng; nhất trí việc cần phối hợp chặt chẽ loại bỏ cơ sở phái cử, tiếp nhận lao động vi phạm pháp luật của cả Việt Nam và Nhật Bản.
Phía Nhật Bản khẳng định sẽ hỗ trợ Việt Nam thực hiện dự án Cải cách tổ chức, bộ máy của hệ thống chính trị tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả; đào tạo, bồi dưỡng cán bộ lãnh đạo quản lý các cấp, nhất là cán bộ cấp chiến lược; mong muốn tiếp nhận nhiều hơn nữa thực tập sinh kỹ năng của Việt nam sang làm việc tại Nhật Bản trong các lĩnh vực nông nghiệp, điều dưỡng, xây dựng... và khẳng định sẽ nỗ lực tạo môi trường tốt nhất để giúp thực tập sinh và du học sinh Việt Nam làm việc và học tập.
Hai bên thống nhất đẩy mạnh hợp tác trong các lĩnh vực văn hóa, thể thao và giao lưu nhân dân nhân dịp kỷ niệm 45 năm thiết lập quan hệ ngoại giao vào năm 2018; tăng cường hợp tác địa phương giữa hai nước, qua đó thúc đẩy đầu tư, chuyển giao công nghệ và kỹ thuật tiên tiến của các địa phương của Nhật Bản cho các địa phương của Việt Nam.
Phó Thủ tướng Phạm Bình Minh cảm ơn sự quan tâm của Thủ tướng Abe và các Lãnh đạo Nhật Bản đối với vụ việc bé gái người Việt Nam Lê Thị Nhật Linh bị sát hại và đề nghị phía Nhật Bản sớm xét xử nghiêm thủ phạm theo pháp luật.
Tại hội đàm giữa hai Bộ trưởng Ngoại giao, hai bên đã trao đổi về các vấn đề quốc tế và khu vực cùng quan tâm, nhất trí tăng cường phối hợp tại các diễn đàn quốc tế và khu vực như Cấp cao Đông Á (EAS), ASEAN, ASEM, Liên Hợp Quốc; tăng cường hợp tác trong các liên kết kinh tế quốc tế như Hiệp định đối tác kinh tế toàn diện khu vực (RCEP).
Phó Thủ tướng Phạm Bình Minh đề nghị Nhật Bản ủng hộ Việt Nam thành thành viên không thường trực Hội đồng bảo an Liên Hợp Quốc nhiệm kỳ 2020-2021 và ủng hộ ứng cử viên Việt Nam vào vị trí Tổng Giám Đốc Tổ chức Giáo dục, Khoa học và Văn hóa Liên Hợp Quốc (UNESCO) nhiệm kỳ 2017-2021.
Ngoại trưởng Kishida khẳng định Nhật Bản ủng hộ Việt Nam toàn diện và sẽ phối hợp chặt chẽ để Việt Nam tổ chức thành công Năm APEC 2017.
Về vấn đề Biển Đông, hai bên chia sẻ quan ngại của cộng đồng quốc tế về tình hình Biển Đông thời gian gần đây; nhất trí về tầm quan trọng của bảo đảm hòa bình, an ninh, an toàn và tự do hàng hải và hàng không, các bên liên quan không có những hành động gây căng thẳng và quân sự hóa dẫn đến thay đổi nguyên trạng tại Biển Đông, thúc đẩy giải quyết tranh chấp bằng các biện pháp hòa bình, tôn trọng đầy đủ các tiến trình ngoại giao và pháp lý, không sử dụng vũ lực hoặc đe dọa sử dụng vũ lực, nghiêm túc tuân thủ luật pháp quốc tế, nhất là Công ước của Liên Hợp Quốc về Luật Biển 1982 cũng như Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC), sớm hoàn tất Bộ quy tắc ứng xử ở Biển Đông (COC).