Đại học phải là cơ sở GDĐH đào tạo đa lĩnh vực, trong đó có đào tạo sau đại học đến trình độ tiến sĩ ở một số lĩnh vực thế mạnh; có cơ cấu linh hoạt bao gồm tổ hợp các trường đại học, viện nghiên cứu thành viên và/hoặc các trường chuyên ngành để phù hợp với thực tiễn Việt Nam, khi hầu hết các trường đại học lớn đều đang thuộc hai đại học quốc gia.
Trong đại học phải có trường đào tạo khoa học cơ bản để nghiên cứu đào tạo các kiến thức nền tảng cho các ngành khác theo xu hướng quốc tế; có khoa và một số đơn vị trực thuộc khác, đủ năng lực góp phần phát triển địa phương, vùng và đất nước.
Trong đó, do đặc thù của Việt Nam, các đại học quốc gia được thành lập để thực hiện sứ mệnh đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao cho đất nước, phát triển thành một trong các cơ sở GDĐH hàng đầu ở Việt Nam nên dự thảo Luật quy định đại học quốc gia là đại học công lập thực hiện nhiệm vụ chiến lược quốc gia về giáo dục đại học, có quy chế tổ chức và hoạt động riêng do Chính phủ quy định.
Các đại học khác (bao gồm cả các đại học đang thực hiện theo quy chế đại học vùng) thực hiện theo mô hình chung của đại học (bao gồm tổ hợp các trường đại học thành viên và/hoặc các trường chuyên ngành).
Với các quy định về đại học như trên, các cơ sở GDĐH ngoài công lập cũng có thể trở thành đại học nếu đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật. Cùng với cơ chế mới về phân bổ nguồn lực cho GDĐH theo nguyên tắc cạnh tranh, bình đẳng, hiệu quả (sửa đổi, bổ sung Điều 12 Luật GDĐH), thực hiện tự chủ đại học và chuyển từ học phí sang giá trong toàn hệ thống… quy định này sẽ góp phần phát triển các cơ sở GDĐH ngoài công lập ở Việt Nam trong thời gian tới.
Trường đại học, học viện là chế định chung, học viện là một loại trường đại học. Quy định như vậy để phù hợp với thực tế hiện nay ở Việt Nam khi hầu hết các trường đại học, học viện về cơ bản có chức năng đào tạo như nhau (đào tạo một hoặc nhiều lĩnh vực, có khoa, bộ môn và một số đơn vị trực thuộc khác).
Nhiều nước trên thế giới cũng không có sự phân biệt rõ về nội hàm của tất cả các cơ sở GDĐH theo tên gọi mà vẫn có một số cơ sở GDĐH có tên gọi riêng khác với đa số các cơ sở khác trong hệ thống để giữ truyền thống, tôn trọng tên gọi và quá trình phát triển trong lịch sử của mỗi trường. Do đó, hệ thống cơ sở GDĐH theo Dự thảo gồm đại học, trường đại học để đảm bảo tính thống nhất, phù hợp với điều kiện thực tiễn hiện nay ở Việt Nam.
Hệ thống cơ sở GDĐH sẽ được phân loại theo định hướng nghiên cứu, định hướng ứng dụng (sửa Điều 7) để có chính sách phù hợp với mỗi loại; được tham gia xếp hạng theo các bảng xếp hạng trong nước và quốc tế (sửa Điều 9); tham gia kiểm định chất lượng và công khai kết quả kiểm định (sửa Điều 52)…