Theo đó, từ tháng 8/2020 đến 8/2021, trường THPT Nguyễn Trãi đã để xảy ra sai phạm về quản lý tài chính, gây thiệt hại nghiêm trọng cho ngân sách nhà nước.
Cụ thể, cuối năm 2021, Sở GD&ĐT TP Hải Phòng nhận được đơn tố giác tội phạm, tố cáo lãnh đạo Trường THPT Nguyễn Trãi (giai đoạn trước tháng 10/2021) có những vi phạm về tài chính, có dấu hiệu làm khống hồ sơ thanh quyết toán một số hạng mục công trình, thiết bị phục vụ công tác đào tạo để chiếm đoạt hàng trăm triệu đồng tiền ngân sách, tiền xã hội hoá.
Qua kiểm tra, Sở GD&ĐT xác định nhà trường không nợ lương cán bộ, giáo viên nhà trường như trong đơn tố giác tội phạm. Tuy nhiên, Sở GD&ĐT xác định những nội dung tố giác, tố cáo tội phạm liên quan đến việc lập khống hồ sơ thanh, quyết toán trong việc sửa chữa, nâng cấp, cải tạo cơ sở vật chất của nhà trường là có dấu hiệu nên đã báo cáo UBND TP Hải Phòng.
Theo đó, UBND TP Hải Phòng đã giao cho Công an TP Hải Phòng tiến hành xác minh vụ việc theo trình tự đơn tố giác tội phạm.
Theo thông tin mà Báo GD&TĐ nhận được, nhiều hạng mục công trình như: lắp rèm, lắp hệ thống chống nóng, sang sửa tượng đài cụ Nguyễn Trãi... dù không thi công nhưng lãnh đạo nhà trường vẫn làm thủ tục thanh quyết toán nhằm rút tiền ngân sách nhà nước.
Căn cứ tài liệu hồ sơ cũng như đánh giá tính chất, mức độ vụ việc, ngày 5/5/2022 cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an thành phố Hải Phòng ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự Tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ xảy ra tại Trường THPT Nguyễn Trãi để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Đầu năm học 2021 – 2022, Sở GD&ĐT Hải Phòng đã tổ chức luân chuyển hiệu trưởng các trường THPT trên địa bàn thành phố.
Thời điểm trước đó, bà Nguyễn Thị Phương Hoa là hiệu trưởng Trường THPT Nguyễn Trãi, sau được luân chuyển về làm hiệu trưởng Trường THPT Quang Trung (xã Cao Nhân, huyện Thủy Nguyên, Hải Phòng) và ông Vương Đình Hường, Hiệu trưởng Trường THPT Quang Trung luân chuyển về làm hiệu trưởng Trường THPT Nguyễn Trãi.