Tại Lễ kỉ niệm 60 năm thành lập, cô Đỗ Thu Hà – Bí thư chi bộ - Hiệu trưởng nhà trường chia sẻ: “Mùa thu năm 1960, cách đây vừa tròn 60 năm, trường THCS Yên Sở ra đời ở một vùng quê ven sông Hồng lộng gió. Mái trường Yên Sở của mùa thu năm ấy là 2 dãy phòng học cấp bốn các phòng học bằng tre, nứa trên khu đất trũng hoang vu, cỏ dại, 88 học sinh với người thầy Hiệu trưởng đầu tiên – thầy Trần Quốc Khải và 13 thầy cô giáo đặt nền móng đầu tiên xây dựng ngôi trường như thầy Cao Thanh, Cao Đình Sỹ, La Ngọc Thạch,... Đến năm 1979, bằng nguồn kinh phí do nhân dân đóng góp nhà trường đã xây dựng được ngôi trường 3 tầng khang trang.
Năm 2013 được sự quan tâm của Quận ủy, HĐND, UBND, phòng GD&ĐT quận Hoàng Mai, trường THCS Yên Sở được đầu tư cải tạo, xây mới và được trang bị đồng bộ cơ sở vật chất theo đúng, đủ tiêu chí trường Chuẩn quốc gia với đầy đủ phòng học, phòng học bộ môn Hóa học, Sinh học, Vật lý, phòng tin học, phòng âm nhạc, phòng nghe nhìn và các trang thiết bị hiện đại.Khung cảnh sư phạm nhà trường được trang trí hệ thống cây xanh, bồn hoa, cây cảnh góp phần tạo nên một môi trường giáo dục trong lành “ Xanh – Sạch – Đẹp – An toàn – Thân thiện”.
Đặc biệt năm học 2015-2016, Trường vinh dự được đón bằng công nhận “Trường chuẩn Quốc gia” cấp độ 1. Có thể nói đây là cột mốc đánh dấu sự chuyển mình của nhà trường về chất và lượng,đáp ứng được các yêu cầu đổi mới của nền giáo dục hiện đại và hội nhập quốc tế”.
Trong Lễ kỉ niệm 60 năm thành lập trường, nhiều thế hệ thầy trò nhà trường đã cùng về chung vui trong tháng 11 với kỉ niệm Ngày nhà giáo Việt Nam 20/11. Trải qua 60 năm hình thành và phát triển, nhà trường liên tục đạt các danh hiệu Tập thể Lao động tiên tiến, đơn vị đạt chuẩn văn hóa; Công đoàn nhà trường đạt danh hiệu Công đoàn vững mạnh, vững mạnh xuất sắc; Chi bộ nhà trường giữ vững danh hiệu Chi bộ trong sạch vững mạnh, vững mạnh xuất sắc; Liên đội nhà trường đạt Liên đội xuất sắc cấp Quận trong nhiều năm liền; ....
