Trước đó, Havard đã từ chối danh sách các yêu cầu của Nhà Trắng mà họ cho là sẽ làm suy yếu tính độc lập của trường.
Vụ kiện được đệ trình lên tòa án liên bang ở Boston cho biết ông Trump đã phát động một cuộc tấn công rộng rãi vào việc tài trợ cho nghiên cứu tiên tiến tại các trường đại học lớn khi ông tìm cách loại bỏ những gì ông mô tả là chủ nghĩa bài Do Thái và định kiến về ý thức hệ.
"Vụ kiện này liên quan đến những nỗ lực của chính phủ nhằm sử dụng việc cắt giảm tiền tài trợ liên bang làm đòn bẩy để giành quyền kiểm soát quá trình ra quyết định học thuật tại Harvard", theo vụ kiện.
Harvard cáo buộc hành động của chính quyền ông Trump là tùy tiện và bất hợp pháp, đồng thời vi phạm quyền tự do ngôn luận theo Tu chính án thứ nhất.
Nhà Trắng đã không trả lời ngay lập tức khi được yêu cầu bình luận.
Từ khi nhậm chức vào tháng 1, ông Trump đã gây sức ép lên các trường đại học hàng đầu của Mỹ, nói rằng họ đã xử lý sai các cuộc biểu tình ủng hộ người Palestine năm ngoái và để cho chủ nghĩa bài Do Thái lan tràn trong các trường đại học.
Harvard là trường đại học đầu tiên đệ đơn kiện để đáp trả sức ép của của ông Trump.
Chính quyền Trump đã bắt đầu xem xét 9 tỷ USD tiền tài trợ liên bang cho Harvard hồi tháng 3 và sau đó đưa cho trường một danh sách dài các yêu cầu, gồm lệnh cấm đeo khẩu trang và chấm dứt mọi chương trình đa dạng, công bằng và hòa nhập.
Kể từ đó, chính quyền ông Trump đã đóng băng 2,3 tỷ USD tiền tài trợ cho Harvard và đe dọa sẽ tước bỏ tư cách miễn thuế của trường đại học này và tước quyền tuyển sinh sinh viên nước ngoài.
Chính quyền cũng yêu cầu cung cấp thông tin về mối quan hệ với nước ngoài, nguồn tài trợ, sinh viên và giảng viên của trường.
Washington cũng đã tạm dừng một số khoản tài trợ cho các trường đại học gồm Columbia, Princeton, Cornell, Northwestern và Brown vì các cuộc biểu tình trong khuôn viên trường.