Theo Thông tư, Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế, có tư cách pháp nhân, trụ sở, con dấu, tài khoản riêng tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của pháp luật. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp, toàn diện về chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ, tổ chức, nhân lực, hoạt động, tài chính và cơ sở vật chất của Sở Y tế; chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, thanh tra về chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ của Bộ Y tế.
Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh có chức năng tham mưu và tổ chức thực hiện các hoạt động chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ (gọi tắt là các hoạt động chuyên môn) về phòng, chống dịch, bệnh truyền nhiễm; bệnh không lây nhiễm; phòng, chống tác động của các yếu tố nguy cơ ảnh hưởng tới sức khỏe; quản lý sức khỏe cộng đồng; khám phát hiện, điều trị dự phòng và các dịch vụ y tế khác phù hợp với lĩnh vực chuyên môn trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật.
Cơ cấu tổ chức
Thông tư nêu rõ, Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh có giám đốc và không quá 3 phó giám đốc. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ chính sách đối với giám đốc, phó giám đốc Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh thực hiện theo quy định của pháp luật và theo phân cấp của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.
Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh có 3 phòng chức năng gồm: Phòng Tổ chức - Hành chính; phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ; phòng Tài chính - Kế toán.
Các Khoa chuyên môn gồm: 1. Khoa Phòng, chống bệnh truyền nhiễm; 2. Khoa Phòng, chống HIV/AIDS; 3. Khoa Phòng, chống bệnh không lây nhiễm; 4. Khoa Dinh dưỡng; 5. Khoa Sức khỏe môi trường - Y tế trường học - Bệnh nghề nghiệp; ở địa phương có khu công nghiệp và có nhu cầu thì được thành lập khoa Bệnh nghề nghiệp riêng; 6. Khoa Sức khỏe sinh sản; 7. Khoa Truyền thông, giáo dục sức khỏe; 8. Khoa Ký sinh trùng - Côn trùng; 9. Khoa Kiểm dịch y tế quốc tế (nơi có hoạt động kiểm dịch y tế biên giới); 10. Khoa Dược - Vật tư y tế; 11. Khoa Xét nghiệm - Chẩn đoán hình ảnh - Thăm dò chức năng; 12. Phòng khám đa khoa, chuyên khoa (thực hiện khi có đủ điều kiện theo quy định của pháp luật về khám bệnh, chữa bệnh và được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định thành lập).
Căn cứ vào tính chất, đặc điểm, nhu cầu và khả năng của từng địa phương, Giám đốc Sở Y tế quyết định theo thẩm quyền hoặc trình Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định việc thành lập, chia tách, lồng ghép các phòng, khoa; quy định nhiệm vụ cụ thể của các phòng, khoa theo hướng dẫn bảo đảm thực hiện dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ phù hợp với nhu cầu thực tế và theo quy định của pháp luật.