Mục tiêu quy hoạch nhằm bảo tồn, gìn giữ các yếu tố gốc, các giá trị lịch sử, văn hóa, khoa học, thẩm mỹ của di tích lịch sử và danh lam thắng cảnh quốc gia đặc biệt Quần thể An Phụ - Kính Chủ - Nhẫm Dương, với tư cách là một hợp phần của Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử - Vĩnh Nghiêm - Côn Sơn, Kiếp Bạc, góp phần bảo tồn sự toàn vẹn, xác thực và giá trị nổi bật toàn cầu của di sản thế giới trong tương lai.
Tổ chức không gian Quần thể An Phụ - Kính Chủ - Nhẫm Dương thành 6 khu vực tạo thuận lợi cho việc bảo tồn, gìn giữ các di tích gốc, các di chỉ, hiện vật khảo cổ đã phát lộ và còn nằm trong các hang động khu vực Kính Chủ và Nhẫm Dương.
Phục hồi các hạng mục công trình vốn có của quần thể di tích; tổ chức không gian kiến trúc cảnh quan, xây dựng bổ sung các công trình phụ trợ; hình thành trung tâm sinh hoạt văn hóa, tín ngưỡng và nghiên cứu lịch sử - văn hóa vùng miền...
Khai thác tiềm năng khảo cổ học, môi trường cảnh quan, danh lam thắng cảnh, nâng tầm giá trị của di tích như một điểm đến của giới nghiên cứu trong nước và quốc tế; trở thành một trong những trung tâm du lịch, điểm đến hấp dẫn du khách.
Khai thác hiệu quả tiềm năng tài nguyên thiên nhiên sẵn có như hệ thống núi đá, hang động, sông ngòi, hệ sinh thái tự nhiên, di tích, di chỉ khảo cổ học, danh lam thắng cảnh...
Phát triển các sản phẩm du lịch trải nghiệm, nghiên cứu khảo cổ gắn với hoạt động điền dã, điều tra và thực hành thăm dò, khai quật khảo cổ tại khu di tích Kính Chủ, Nhẫm Dương, động Hàm Long - Tâm Long - Đốc Tít, hang chùa Mộ.
Tạo lập các sản phẩm dịch vụ, du lịch mới phù hợp như: du lịch thiền gắn với trải nghiệm ẩm thực chay, tham gia các khóa tu tập, an cư kiết hạ…
Nghiên cứu, hình thành tuyến du lịch tham quan nội khu trong cùng quần thể di tích; trải nghiệm tham quan, ngắm cảnh dãy núi Yên Phụ bằng tuyến đi bộ (Trekking) lên đỉnh núi, đu dây trượt (Zipline) từ đỉnh núi xuống, tuyến tàu điện (tàu kéo cáp) hoặc cáp treo...
Khai thác tuyến du lịch bằng thuyền tham quan sông Kinh Thầy; dọc hai bên bờ sông Kinh Thầy, núi Dương Nham và núi Lĩnh Đông được quy hoạch khu nghỉ dưỡng sinh thái…
Hình thành các tuyến tham quan trải nghiệm tại các làng nghề thủ công truyền thống, trải nghiệm du lịch đồng quê trên cơ sở kết nối Quần thể di tích An Phụ - Kính Chủ - Nhẫm Dương; hình thành tuyến du lịch chuyên đề khảo cổ học, lịch sử, văn hóa kết nối di tích động Kính Chủ - chùa Nhẫm Dương với các di tích khảo cổ khác.
