Theo đó, Viện KSND Tối cao đã hoàn tất cáo trạng vụ án Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí xảy ra tại Cty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng Cty Cửu Long và các đơn vị liên quan trong việc đấu thầu và thu phí tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Trong vụ án này, ông Đinh La Thăng, cựu Bộ trưởng Bộ GTVT (đang là bị án của các vụ án đã xét xử trước đó); ông Nguyễn Hồng Trường, cựu Thứ trưởng Bộ GTVT; Đinh Ngọc Hệ, cựu Chủ tịch HĐQT, cựu Tổng giám đốc Cty Thái Sơn cùng 17 bị can khác cùng bị truy tố. Bị can Đinh La Thăng được xác định có vai trò chủ mưu, cầm đầu.
Theo cáo trạng, dự án đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương được hình thành từ nguồn vốn ngân sách Nhà nước, do vậy việc bán quyền thu phí là bán tài sản Nhà nước. Bộ GTVT được Thủ tướng giao là đơn vị chủ trì xây dựng đề án bán quyền thu phí, thực hiện chuyển giao quyền thu phí để hoàn trả ngân sách Nhà nước đã đầu tư cho dự án.
Tuy nhiên, khi triển khai thực hiện, bị can Đinh La Thăng, khi đó là Bộ trưởng Bộ GTVT xuất phát từ động cơ cá nhân, thông qua mối quan hệ quen biết từ trước, đã điện thoại cho Dương Tuấn Minh, Tổng giám đốc Tổng Cty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long và có những chỉ đạo "bất thường".
Ông Thăng đã giới thiệu, đưa bị can Đinh Ngọc Hệ vào tiếp cận đề án, sau đó tạo điều kiện cho công ty của Hệ trúng đấu giá quyền thu phí cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Theo cáo trạng, bị can Đinh Ngọc Hệ đã lợi dụng mối quan hệ trên để xây dựng hồ sơ gian dối tham gia mua đấu giá quyền thu phí. Sau khi trúng đấu giá, bị can này tiếp tục thực hiện các hành vi gian dối nhằm chiếm đoạt tài sản nhà nước.
Ông Thăng nắm rõ các quy định pháp luật về quản lý tài sản nhà nước và chuyển giao quyền thu phí, nhận thức rõ đây là tài sản đặc thù có giá trị đặc biệt lớn, cần tìm kiếm đối tác có năng lực tài chính để tối ưu hóa việc bán quyền thu phí. Ông chỉ đạo để cho công ty của Út "trọc" là công ty đang kinh doanh thua lỗ, không có năng lực tài chính mua quyền thu phí.
Quá trình thực hiện, ông Thăng biết toàn bộ hoạt động triển khai đề án, kết quả bán đấu giá được thực hiện không đúng quy định pháp luật để cho công ty Yên Khánh của bị can Đinh Ngọc Hệ trúng đấu giá, phù hợp với giới thiệu ban đầu của ông Thăng.
Ngoài ra, viện kiểm sát quy kết bị can Đinh La Thăng phải chịu trách nhiệm chính về toàn bộ sai phạm của các cán bộ tại Bộ Giao thông vận tải trong việc tổ chức bán đấu giá quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương cho công ty của Đinh Ngọc Hệ gây hậu quả thất thoát cho Nhà nước hơn 725 tỉ.
Hành vi của ông Thăng cấu thành tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí".
Theo kết quả điều tra, cựu thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường biết Đinh Ngọc hệ có mối quan hệ với ông Thăng, xuất phát từ động cơ nể nang trong quan hệ cấp trên với cấp dưới nên đã có hành vi sai phạm trong việc chỉ đạo cho đơn vị trúng thầu nộp tiền làm 3 lần trái quy định pháp luật.
Ông Trường bị xác định đã ký quyết định phê duyệt giá khởi điểm bán đấu giá quyền thu phí, nhưng không thông qua hội đồng xác định giá hoặc thuê tổ chức thẩm định giá. Ông Trường cũng ký quyết định cho phép Hội đồng bán chỉ định khi chỉ có một người tham gia đấu giá và trả giá bằng giá khởi điểm. Ngoài ra, ông Nguyễn Hồng Trường còn ký văn bản thông báo Cty Yên Khánh và Cty Khánh An của Đinh Ngọc Hệ đủ điều kiện tham gia đấu giá, từ đó dẫn đến hậu quả những công ty này không đủ năng lực những vẫn được tham gia đấu giá và trúng đấu giá.
Hành vi của ông Trường vi phạm nhiều quy định pháp luật, gây thiệt hại tài sản cho Nhà nước. Bị can Đinh Ngọc Hệ với mục đích chiếm đoạt quyền thu phí nên ngay từ đầu đã có thủ đoạn gian dối, chỉ đạo nhân viên làm giả báo cáo từ lỗ thành lãi và làm giả xác nhận của đơn vị kiểm toán trong báo cáo tài chính năm 2001, 2002. Bị can Đinh Ngọc Hệ với sự giúp sức của đồng phạm chiếm đoạt hơn 725 tỉ của Nhà nước.
