Ngày 31/8, Cơ quan CSĐT – Bộ Công an đã chuyển Kết luận điều tra sang Viện KSND tối cao, đề nghị truy tố ông Đinh La Thăng. Cụ thể, ông Đinh La Thăng bị đề nghị truy tố trên cương vị làm Bộ trưởng Bộ GTVT, về tội "Vi phạm quy định về sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí", theo khoản 3, Điều 219 Bộ Luật hình sự (sửa đổi, bổ sung 2017) với vai trò cầm đầu.
Ngoài ông Đinh La Thăng còn có ông Nguyễn Hồng Trường, ông Định Ngọc Hệ cùng 17 bị can khác cùng bị truy tố trong vụ án này. Bị can Nguyễn Hồng Trường (cựu Thứ trưởng Bộ GTVT kiêm Chủ tịch hội đồng bán đấu giá quyền thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương), bị truy tố cùng tội danh như ông Đinh La Thăng nhưng với vai trò đồng phạm.
Bị can Đinh Ngọc Hệ bị đề nghị truy tố tội như ông Thăng và thêm tội danh “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” với vai trò chủ mưu cầm đầu và lợi dụng quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi. 12 đồng phạm khác bị đề nghị truy tố tội lừa đảo như bị can Hệ.
Ông Đinh La Thăng và các đồng phạm bị đề nghị truy tố liên quan sai phạm xảy ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng Công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu giá và thu phí tuyến cao tốc thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương.
Sai phạm của ông Đinh La Thăng và các bị can trong vụ án này bị xác định là đã gây thiệt hại hơn 725 tỉ đồng.