Theo đó, hàng năm, các hồ: Thác Mơ, Cần Đơn, Srok Phu Miêng, Phước Hòa, Đơn Dương, Đại Ninh, Đồng Nai 2, Đồng Nai 3, Đồng Nai 4, Đăk R’Tih, Đồng Nai 5, Trị An, Hàm Thuận, Đa Mi, Dầu Tiếng và đập dâng Tà Pao trên lưu vực sông Đồng Nai phải vận hành theo nguyên tắc thứ tự ưu tiên.
Cụ thể, trong mùa lũ, đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình thủy điện Đại Ninh, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ nhỏ hơn hoặc bằng lũ cực hạn (PMF) với lưu lượng đỉnh 11.000 m3/s; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình hồ chứa; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình thủy điện Hàm Thuận không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước lũ kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 2.000 năm và đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình hồ chứa; góp phần giảm lũ cho hạ du; đảm bảo dòng chảy tối thiểu trên sông và nhu cầu sử dụng nước tối thiểu ở hạ du; đảm bảo hiệu quả phát điện.
Trong mùa cạn, đảm bảo an toàn công trình; đảm bảo dòng chảy tối thiểu trên sông và nhu cầu sử dụng nước tối thiểu ở hạ du; đảm bảo hiệu quả phát điện.
Nguyên tắc vận hành các hồ giảm lũ cho hạ du là không cho phép sử dụng phần dung tích hồ từ cao trình mực nước dâng bình thường đến cao trình mực nước lũ kiểm tra hoặc mực nước dâng gia cường để điều tiết lũ khi các cửa van của công trình xả chưa ở trạng thái mở hoàn toàn, trừ hồ Dầu Tiếng và các trường hợp đặc biệt theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ hoặc Trưởng Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai.
Khi vận hành giảm lũ cho hạ du phải tuân thủ theo quy định về trình tự, phương thức đóng, mở cửa van các công trình xả đã được cấp có thẩm quyền ban hành, bảo đảm không gây lũ nhân tạo đột ngột, bất thường đe dọa trực tiếp đến tính mạng và tài sản của nhân dân khu vực ven sông ở dưới hạ du hồ chứa.
Trong thời kỳ mùa lũ, khi chưa tham gia vận hành giảm lũ cho hạ du, mực nước các hồ chứa không được vượt mực nước cao nhất trước lũ được quy định, trừ trường hợp quy định tích nước cuối mùa lũ.
Trong quá trình vận hành phải thường xuyên theo dõi, cập nhật thông tin về tình hình thời tiết, mưa, lũ; mực nước tại các trạm thủy văn, thời kỳ triều cường; mực nước, lưu lượng đến hồ và các bản tin dự báo tiếp theo để vận hành, điều tiết cho phù hợp với tình hình thực tế.
Khi kết thúc quá trình giảm lũ cho hạ du phải đưa dần mực nước hồ về cao trình mực nước trước lũ, trừ trường hợp quy định tích nước cuối mùa lũ.